Mỗi nội dung được giao chỉ tiêu đánh giá cụ thể như: Đến năm 2025, 100% trường học có tổ chức bữa ăn học đường và căng tin trường học, bảo đảm các điều kiện về vệ sinh, an toàn thực phẩm theo quy định, sử dụng sữa học đường theo tiêu chí, tiêu chuẩn được quy định trong Chương trình Sữa học đường quốc gia…; 100% học sinh được tuyên truyền, giáo dục về sức khỏe và nâng cao kiến thức phòng, chống bệnh, tật học đường, bệnh không lây nhiễm và sức khỏe tâm thần; giáo dục về dinh dưỡng hợp lý, thực phẩm lành mạnh, an toàn; 100% trường học có đủ giáo viên giáo dục thể chất và được tập huấn, bồi dưỡng, nâng cao trình độ chuyên môn nghiệp vụ…
Trong những năm qua, một số chương trình, dự án cũng đã đưa vào trường học nhằm chăm sóc và bảo vệ sức khỏe trẻ em, học sinh như phòng chống dịch bệnh, tiêm chủng mở rộng, phòng chống suy dinh dưỡng, vệ sinh thực phẩm... nhưng với phạm vi riêng lẻ, không đồng bộ, triển khai trên một số địa phương, trường học.
Chương trình sức khỏe học đường giai đoạn 2021- 2025 thể hiện sự quyết tâm và khát vọng của quốc gia vào việc chăm sóc cho thế hệ tương lai. Đây là bước khởi đầu cho một chương trình thiết thực, tổng thể và dài hạn về sức khỏe học đường, quy mô lớn nhất từ trước đến nay, lựa chọn các nội dung ưu tiên đối với sức khỏe trẻ em, học sinh trên cả nước, tránh sự trùng lặp, triển khai chồng chéo.
Hơn 22 triệu trẻ em, học sinh (tương đương 25% dân số Việt Nam) được chăm sóc sức khỏe ban đầu ngay từ trong trường học. Điều này sẽ tiết kiệm được khoản kinh phí lớn dành cho công tác điều trị, giảm bớt gánh nặng của bệnh tật cho gia đình và toàn xã hội, cải thiện tầm vóc, chất lượng giống nòi. Nguồn kinh phí tiết kiệm được sẽ tăng cường cho đầu tư phát triển. Học sinh có sức khỏe tốt sẽ học tập và thành đạt hơn trên con đường học vấn, đóng góp vào sự phát triển kinh tế - xã hội của đất nước.
Chương trình cũng tạo cơ chế chính sách, đẩy mạnh công tác xã hội hóa nhằm thu hút sự tham gia đầu tư của các tổ chức, doanh nghiệp trong và ngoài nước; huy động các nguồn lực tăng cường cơ sở vật chất, trang thiết bị dụng cụ phục vụ cho việc chăm sóc sức khỏe trẻ em, học sinh.