Bộ Kế hoạch và Đầu tư cho rằng, kịch bản 3 mà Bộ Giao thông Vận tải ưu tiên lựa chọn còn bất hợp lý khi phương án đầu tư có tốc độ thiết kế 350 km/h, nhưng tổng mức đầu tư dự án lại thấp hơn kịch bản 2 có tốc độ thiết kế 250 km/h; chưa có nội dung liên quan phương án vận tải hàng hóa, cơ sở tính toán chỉ số hoàn vốn nội bộ, chỉ số lợi ích - chi phí...
Đồng tình với kịch bản 3, nhưng Bộ Xây dựng lưu ý, dự án đường sắt tốc độ cao Bắc - Nam đi qua 20 tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương. Hiện nay, các tỉnh, thành đang trong quá trình lập, phê duyệt Quy hoạch vùng, Quy hoạch tỉnh và các đồ án Quy hoạch xây dựng, đồng thời trong bối cảnh tốc độ đô thị hóa ngày một tăng cao phát sinh các tình huống làm thay đổi hướng tuyến thiết kế đường sắt tốc độ cao. Điều này sẽ kéo theo việc phải điều chỉnh khối lượng công trình dẫn đến thay đổi tổng mức đầu tư dự án. Bộ này đề nghị Bộ Giao thông Vận tải cần phối hợp chặt chẽ với các địa phương nơi có tuyến đường đi qua để đảm bảo giữ nguyên được kết quả thỏa thuận hướng tuyến như đã được thể hiện tại đề án.
Liên hiệp các Hội Khoa học và Kỹ thuật Việt Nam (VUSTA) cũng đã tổ chức hội thảo lấy ý kiến về dự thảo Đề án chủ trương đầu tư đường sắt tốc độ cao Bắc - Nam, tại hội thảo, một số chuyên gia, nhà khoa học sau khi phân tích và đánh giá đã đưa ra nhận định kịch bản số 3 là không khả thi vì các yếu tố kỹ thuật không đảm bảo...
Chưa nói tới đúng, sai, vì dự thảo vẫn đang trong quá trình lấy ý kiến và hoàn thiện, nhưng có thể thấy được sự quan tâm đặc biệt của các cơ quan quản lý, các nhà khoa học, chuyên gia ...đối với dự án nói riêng cũng như đối với ngành giao thông nói chung. Có thể thấy, các ý kiến dù có những điểm trái chiều, khác nhau, nhưng đều xuất phát từ trách nhiệm, từ nỗi lo của các cơ quan quản lý đối với một dự án lớn. Câu chuyện không chỉ là vốn lớn, mà còn là tính khả thi về mặt kỹ thuật, là tính dự báo trước những bất cập hoặc yếu tố phát sinh có thể xảy ra trong quá trình thực hiện xây dựng dự án. Nếu không lường trước tình huống, không "soi" lại những bài học phát sinh trong quá trình xây dựng thì trong tương lai sẽ lặp lại câu chuyện đội vốn, đội giá, "đội" cả thời gian của một dự án.
Thực tế từ trước đến nay ở Việt Nam cho thấy, có nhiều dự án đầu tư bị kéo dài thời gian và đội vốn mà một trong những nguyên nhân chính bắt nguồn từ chính việc nghiên cứu không kỹ lưỡng. Đơn cử dự án đường sắt đô thị Hà Nội tuyến Cát Linh – Hà Đông được phê duyệt ban đầu có tổng mức đầu tư 552,86 triệu USD nhưng sau đó bị đội vốn, nâng tổng mức đầu tư lên thành 868 triệu USD. Một trong những nguyên nhân gây đội vốn là dự án dự kiến đưa vào khai thác năm 2015 nhưng phải điều điều chỉnh tiến độ nhiều lần đến 2021 mới đưa vào khai thác thương mại. Hay dự án đường sắt đô thị Hà Nội tuyến số 3 Nhổn - Ga Hà Nội có kế hoạch đưa vào khai thác cuối năm 2018 nhưng hiện cũng chưa chốt ngày đưa vào khai thác thương mại. Dự án này cũng được đề xuất điều chỉnh vốn lên gần 33.000 tỷ đồng, tăng trên 14.500 tỷ đồng so với tổng mức được phê duyệt ban đầu. Trong khi đó, dự án đường sắt đô thị Hà Nội tuyến số 1 Yên Viên - Ngọc Hồi đáng lẽ đã đươc triển khai từ năm 2012 nhưng hiện tại nhiều hạng mục vẫn đang nằm trên giấy.
Phó Thủ tướng Chính phủ Trần Hồng Hà nhấn mạnh: "Đầu tư cho đường sắt tốc độ cao là đầu tư dài hạn cho tương lai. Đó không chỉ là một tuyến đường sắt hay một con tàu, mà phải đặt ra mục tiêu tổng thể là hình thành ngành công nghiệp có năng lực làm chủ công nghệ, để vận hành tuyến đường sắt tốc độ cao an toàn, hiệu quả, bền vững trong "hệ sinh thái" giao thông vận tải hướng đến tự chủ phát triển mạng lưới hạ tầng giao thông kỹ thuật".
Ích lợi của việc đầu tư đường sắt tốc độ cao Bắc - Nam gần như không cần bàn cãi. Nhưng một dự án tiêu tốn nhiều chục tỷ USD, chiếm nhiều phần trăm trong GDP sẽ để lại nhiều hậu quả về mặt kinh tế, xã hội nếu được tiến hành một cách nóng vội, thiếu cân nhắc và thiếu một kế hoạch chiến lược thấu đáo. Do đó, dù đây là dự án cấp thiết, nhưng hơn bao giờ hết lại là dự án đặc biệt cần sự cẩn trọng. Cẩn trọng không chỉ mang lại hiệu quả cho một dự án, cho nền kinh tế, mà cao hơn cả, sự cẩn trọng đó còn mang lại niềm tin cho người dân.