Bằng những thủ đoạn trên, Kiên đã hơn 180 lần nhận hối lộ, tổng số tiền hơn 42,5 tỷ đồng. Cựu thư ký của ông Đỗ Xuân Tuyên bị Bộ Công an đề nghị truy tố tội Nhận hối lộ.
Tại Bộ Y tế, một bị can khác bị truy tố tội Môi giới hối lộ là Bùi Huy Hoàng, nguyên chuyên viên Phòng Kiểm soát bệnh truyền nhiễm (Cục Y tế dự phòng).
Theo điều tra của Bộ Công an, Hoàng không được phân công nhiệm vụ liên quan đến thẩm quyền của Bộ Y tế trong Tổ 5 bộ. Đến tháng 6/2021, bị can Võ Thị Hồng (Giám đốc Công ty TNHH TMDV hàng không Minh Ngọc) gửi hồ sơ đến Cục Lãnh sự, xin cấp phép tổ chức chuyến bay, nhưng không được phê duyệt.
Sau đó, vì có mối quan hệ quen biết với Hoàng, Hồng đã đặt vấn đề, nhờ liên hệ với bị can Vũ Sỹ Cường (nguyên cán bộ Cục Quản lý xuất nhập cảnh, Bộ Công an) để xin được cấp phép.
Cường khi đó đưa ra mức "phí" 5 triệu đồng/khách để xin chấp thuận chuyến bay tại Bộ Ngoại giao, Bộ Công an, Bộ Quốc phòng, Bộ Giao thông Vận tải; còn Bộ Y tế Hoàng phải tự lo.
Ngoài ra, Hoàng đã liên hệ với Lê Thị Phượng, Phó phòng Văn xã UBND tỉnh Hải Dương, để nhờ Phượng xin chủ trương chấp thuận cách ly y tế cho công dân về nước trên các chuyến bay do công ty của Hồng thực hiện.
Sau đó, Hoàng và Hồng đã thống nhất việc "bôi trơn" 6 triệu đồng/khách để xin cấp phép chuyến bay và 2 triệu đồng/khách để xin chủ trương cách ly y tế.
Theo thỏa thuận, Hoàng nhận hơn 3,3 tỷ đồng từ Hồng. Trong đó Hoàng đưa 1,95 tỷ đồng cho Cường, 100 triệu đồng cho Phạm Trung Kiên, 650 triệu đồng cho Phượng, còn lại Hoàng hưởng hơn 670 triệu đồng.