Trước khi Viện Kiểm sát Nhân dân (VKSND) công bố bản luận tội, trong số hơn 42,6 tỉ đồng nhận hối lộ, Kiên đã chủ động trả lại các doanh nghiệp khoảng 12 tỉ đồng, ngoài ra, gia đình bị cáo nộp thêm 15 tỉ đồng để khắc phục hậu quả. Như vậy, bị cáo và gia đình bị cáo đã hoàn lại 35 tỉ đồng trong tổng số tiền hơn 42,6 tỉ đồng nhận hối lộ.
Về tình tiết giảm nhẹ, luật sư cho biết bị cáo Kiên có thái độ thành khẩn, nhận thức được hành vi phạm tội. Trong quá trình công tác, Kiên nhận nhiều bằng khen, đặc biệt trong khoảng thời gian chống dịch đã được Thủ tướng Chính phủ tặng bằng khen, giấy khen. Người bào chữa cho cựu thư ký Thứ trưởng mong muốn Hội đồng xét xử xem xét thêm tình tiết Kiên tự thú.
Theo bản luận tội, đại diện VKSND đánh giá bị cáo Phạm Trung Kiên được Bộ Y tế giao nhiệm vụ là thư ký, trực tiếp giúp việc cho Thứ trưởng Bộ Y tế Đỗ Xuân Tuyên. Lợi dụng chức vụ quyền hạn được giao, Phạm Trung Kiên đã gây khó khăn, cho đại diện các doanh nghiệp tham gia chuyến bay combo và các doanh nghiệp xin cho công nhân, người lao động về nước phải chi cho Kiên theo mức tiền mà Kiên yêu cầu để được Bộ Y tế đồng ý xét duyệt các chuyến bay theo đề nghị của Bộ Ngoại giao.
Trong vụ án này, bị cáo nhận hối lộ với số lần nhiều nhất, với tổng số tiền nhiều nhất và thủ đoạn cũng trắng trợn nhất trong số các bị cáo với 253 lần nhận hối lộ, với tổng số tiền là hơn 42,6 tỉ đồng. Khi vụ án bị khởi tố, để che giấu hành vi phạm tội của mình, bị cáo đã chuyển khoản trả lại cho các doanh nghiệp và cá nhân đưa hối lộ số tiền 12,2 tỉ đồng, đồng thời nhờ các doanh nghiệp khai báo với cơ quan chức năng số tiền chuyển cho bị cáo là tiền vay mượn cá nhân. Do vậy, đối với bị cáo Kiên cũng cần thiết phải áp dụng mức hình phạt nghiêm khắc nhất dành cho bị cáo. Do đó, VKSND đề nghị tuyên án tử hình đối với bị cáo này.