Các trường đại học đang đóng góp phần lớn công bố khoa học và đơn đăng ký sáng chế của cả nước, nhưng nguồn thu từ nghiên cứu, chuyển giao công nghệ vẫn chiếm tỷ trọng khiêm tốn. Theo Thứ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo Phạm Quang Hưng, vấn đề hiện nay không chỉ nằm ở năng lực nghiên cứu mà còn ở cơ chế đặt hàng, tài trợ và tổ chức hợp tác giữa Nhà nước, nhà trường và doanh nghiệp.