Góp ý sau đó, Bộ Kế hoạch & Đầu tư cũng cho rằng không nên quy định mức chiết khấu tối thiểu trong công thức tính giá cơ sở xăng dầu, để đảm bảo quyền tự quyết của doanh nghiệp, giảm can thiệp Nhà nước vào hoạt động kinh doanh.
Do đó, Bộ Công Thương cho rằng việc cho phép đại lý bán lẻ xăng dầu được quyền mua xăng dầu từ nhiều nguồn (tối đa 3 nguồn) sẽ tạo ra cạnh tranh về chiết khấu. Việc này cũng không trái với quy định của Luật Thương mại cũng như các quy định pháp luật về dân sự, kinh tế.
Về quy định chiết khấu cho các đại lý bán lẻ, Bộ Công Thương giải thích hiện đã có quy định mức chiết khấu đầy đủ cho các đối tượng tham gia chuỗi cung ứng xăng dầu. Mức chiết khấu do các doanh nghiệp tự thỏa thuận.
Chiết khấu cũng là yếu tố cạnh tranh quan trọng giữa các thương nhân để mở rộng thị phần. Vì vậy, bộ khẳng định không cần phải quy định mức chiết khấu cụ thể tại công thức tính giá cơ sở xăng dầu.
Ngoài ra, việc sửa đổi quy định các đại lý bán lẻ xăng dầu không thuộc hệ thống của tổng đại lý có thể mua hàng trực tiếp từ thương nhân đầu mối hoặc thương nhân phân phối xăng dầu mà không cần qua khâu trung gian là tổng đại lý. Vì vậy, có thể xem xét bỏ hình thức tổng đại lý kinh doanh xăng dầu để chuỗi kinh doanh xăng dầu hoạt động hiệu quả hơn.
Tại báo cáo này, Bộ Công Thương cũng bày tỏ quan điểm không bổ sung loại hình thương nhân bán lẻ xăng dầu độc lập.