Kết quả điều tra xác định, ông Dũng nhiều lần chiếm đoạt tài liệu mật của vụ án Công ty Nhật Cường rồi chuyển cho ông Chung. Với sai phạm trên, tháng 11/2020, TAND TP Hà Nội tuyên phạt ông 5 năm tù giam.
Tiếp theo là vụ “chỉ đạo mua chế phẩm Redoxy-3C”, bản án xác định, năm 2016, UBND TP Hà Nội đã chỉ đạo các đơn vị liên quan triển khai thực hiện công tác xử lý, cải tạo, khắc phục ô nhiễm nước sông, hồ trên địa bàn bằng cách tìm kiếm công nghệ tiên tiến phù hợp để xử lý.
Ông Nguyễn Đức Chung với chức năng, nhiệm vụ là Chủ tịch UBND TP đã lựa chọn công nghệ xử lý nước ô nhiễm của Công ty Watch Water (Đức), tổ chức đoàn tham quan, thử nghiệm, đặt hàng sản xuất ra chế phẩm Redoxy-3C để sử dụng vào việc xử lý ô nhiễm.
Sau đó, ông Chung chỉ đạo Võ Tiến Hùng (cựu Tổng giám đốc Công ty TNHH MTV Thoát nước Hà Nội) mua chế phẩm Redoxy-3C, thông qua Công ty Arktic (công ty gia đình của ông Chung - do Nguyễn Trường Giang làm giám đốc). Động cơ vụ lợi này đã gây thiệt hại hơn 36 tỷ đồng tài sản Nhà nước.
Tháng 12/2021, TAND TP Hà Nội tuyên phạt ông Chung 8 năm tù. Đến tháng 6/2022, tại phiên phúc thẩm, ông nhận trách nhiệm người đứng đầu khi để xảy ra sai phạm, nên được giảm án còn 5 năm.
Đối với vụ “can thiệp gói thầu số hóa doanh nghiệp”, cơ quan tố tụng xác định, gói thầu số hóa dữ liệu đăng ký doanh nghiệp do Sở KH&ĐT TP Hà Nội, làm chủ đầu tư. Tuy vậy, quá trình thực hiện, từ đề xuất của Bùi Quang Huy (Tổng giám đốc Công ty Nhật Cường), Nguyễn Đức Chung chỉ đạo dừng thầu trái quy định.
Các bị cáo tại Sở KH&ĐT Hà Nội tiếp nhận chỉ đạo và thực hiện can thiệp bất hợp pháp vào hoạt động đấu thầu bằng việc sửa đổi hồ sơ mời thầu, tạo lợi thế cho liên danh Đông Kinh - Nhật Cường trúng thầu. Còn các bị cáo tại Công ty Đông Kinh cùng với Công ty Nhật Cường thiết lập "quân xanh" để thông thầu, sau khi trúng thầu lại chuyển nhượng trái phép cho nhau để hưởng lợi.
Tòa đánh giá hành vi của các bị cáo đã làm sai lệch kết quả lựa chọn nhà thầu, dẫn đến hiệu quả, mục đích, yêu cầu gói thầu không đạt được, gây thiệt hại 26 tỷ đồng.
Cuối tháng 12/2021, TAND TP Hà Nội tuyên ông Chung 3 năm tù về tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ". Sang tháng 7/2022, cấp phúc thẩm giảm án cho ông xuống còn 2 năm tù.
Cuối cùng là vụ "thổi giá cây xanh" trồng tại một số tuyến phố thủ đô, ông Chung bị quy kết, đã can thiệp, chỉ đạo "miệng", áp đặt Giám đốc Sở Xây dựng phải đặt hàng trực tiếp từ Công ty Sinh Thái Xanh (là doanh nghiệp có người thân thiết với ông Chung).
Thực hiện theo chỉ đạo, năm 2016-2019, dù việc trồng mới cây xanh ở Hà Nội đủ điều kiện đấu thầu nhưng Ban Duy tu các công trình kỹ thuật đô thị thuộc Sở Xây dựng lại ký hợp đồng đặt hàng. Đơn vị này giao Công ty Cây Xanh (doanh nghiệp thuộc UBND Hà Nội) và Công ty Sinh Thái Xanh trồng cây trước, rồi mới lập dự toán, thẩm định.
Theo cơ quan tố tụng, tổng 16 hợp đồng với hai công ty trên đã gây thiệt hại cho ngân sách 34,7 tỷ đồng. Ông Nguyễn Đức Chung được lãnh đạo doanh nghiệp cảm ơn 2,6 tỷ đồng và tặng các công trình cây xanh tại nhà bố mẹ đẻ, trường học ở quê... trị giá hơn 1,2 tỷ đồng.
Xuyên suốt quá trình xét xử 4 vụ án, những lời nói sau cùng của ông Nguyễn Đức Chung thể hiện sự ăn năn, hối lỗi và nhận trách nhiệm với vai trò là người đứng đầu UBND TP Hà Nội.
Như trong phiên sơ thẩm vụ “thổi giá cây xanh”, đứng trước bục khai báo, cựu Chủ tịch cho hay sau 3 năm bị giam giữ, bố vợ ông đã mất, hiện nay bố đẻ đang trong tình trạng nguy kịch ‘không có hy vọng gì để được làm tròn nghĩa vụ làm con’. Song ông vẫn mong HĐXX cho mình được hưởng hình phạt nhẹ nhất, để có cơ hội về chăm sóc mẹ già.
"Tôi băn khoăn, suy nghĩ rất nhiều, chương trình trồng cây xanh rất tốt đẹp nhưng lại có cái kết phải ra tòa. Đây là điều mà tôi không mong muốn và nó nằm ngoài sự quản lý của tôi. Tôi khẳng định lần nữa là tôi luôn nhận trách nhiệm của mình", cựu Chủ tịch Hà Nội nói.
Hay trong phiên xét xử vụ “gói thầu số hóa”, ông Chung bày tỏ đã rút ra được nhiều bài học sâu sắc từ khi bị khởi tố. "Tôi ý thức rõ mình với cương vị chủ tịch UBND TP Hà Nội và trưởng ban chỉ đạo công nghệ thông tin, phải chịu trách nhiệm cả điều tốt và những tồn tại, cụ thể là những sai phạm trong vụ án này..."