Hơn nữa, hiện làn cầu cũ đã tổ chức giao thông 1 chiều cho xe từ Long Biên sang, nhưng hiện nay, ở giữa cầu và làn xe ở hai bên cánh gà cầu vẫn để vạch liền rất bất hợp lý, gây khó khăn cho phương tiện lưu thông.
Việc xóa các vạch liền ở giữa cầu và bên phía trái cầu rất đơn giản, chỉ 1 đêm là xong, nhưng hiện nay cầu Vĩnh Tuy 2 đã thông xe được 10 ngày, các đơn vị có trách nhiệm về tổ chức giao thông và duy tu, sửa chữa cầu Vĩnh Tuy vẫn chưa làm việc này.
Do ở giữa cầu có vạch liền kép và bên trái cầu cũng có vạch liền (trước đó dành cho xe máy) nên khi ùn tắc phương tiện không dám đè vạch để chuyển sang làn thông thoáng hơn.
Phương án tổ chức giao thông chưa phù hợp với thực trạng cầu Vĩnh Tuy mới và sự chậm trễ trễ điều chỉnh lại các biển báo, vạch kẻ sơn trên cầu Vĩnh Tuy cũ (giai đoạn 1) đang khiến cầu Vĩnh Tuy được hoàn thiện cả hai giai đoạn chưa phát huy hết hiệu quả đầu tư cũng như mang lại sự thuận tiện nhất cho phương tiện tham gia giao thông.
Thông tin về việc cầu Vĩnh Tuy hoàn thiện hiện đang có 2 loại biển báo, tổ chức giao thông khác nhau, đại diện chủ đầu tư là Ban QLDA đầu tư xây dựng công trình giao thông Hà Nội cho biết, dự án đã hoàn thành và bàn giao việc quản lý, tổ chức giao thông cho các đơn vị có chức năng. Với việc tổ chức giao thông trên cầu Vĩnh Tuy, chủ đầu tư cho biết, là một hạng mục riêng được giao cho Ban Duy tu, Sở GTVT Hà Nội và Cty Quản lý, duy tu cầu Vĩnh Tuy đảm nhiệm.