Theo đại diện VKSND, trong giai đoạn 2016 - 2019, với vai trò là chủ tịch Hà Nội, bị cáo Nguyễn Đức Chung đã lợi dụng chức vụ quyền hạn, can thiệp, chỉ đạo toàn diện, xuyên suốt công tác trồng cây trên địa bàn TP Hà Nội. Cụ thể, bị cáo Chung đã chỉ đạo Sở Xây dựng Hà Nội tạm dừng việc đấu thầu, trong khi có thể thực hiện hình thức đấu thầu để chuyển qua đặt hàng trực tiếp từ Công ty Sinh Thái Xanh (Công ty do Bùi Văn Mận thành lập tháng 6-2016 không đủ năng lực để đấu thầu hoặc đặt hàng trồng cây nhưng có mối quan hệ thân thiết với bị cáo Chung) thực hiện xây dựng, trồng cây tại Vườn ươm nút giao Đại lộ Thăng Long - Quốc lộ 21.
Bên cạnh đó, theo chỉ đạo của ông Chung, từ năm 2016 - 2019, mặc dù việc trồng mới cây xanh trên địa bàn hoàn toàn đủ điều kiện đấu thầu nhưng Ban Duy tu các công trình hạ tầng kỹ thuật đô thị không tổ chức đấu thầu mà lại đặt hàng Công ty TNHH MTV Công viên cây xanh Hà Nội (Công ty Cây xanh). Trong quá trình thực hiện, với mục đích "rút ruột" ngân sách, các bị cáo tại Công ty Cây xanh câu kết với các bị cáo tại Công ty Sinh Thái Xanh và Công ty TNHH Vì Nhân Dân để nâng khống giá đầu vào các loại cây, gây thiệt hại hơn 34 tỉ đồng.
Đại diện VKSND đánh giá, hành vi của bị cáo Nguyễn Đức Chung đã xâm phạm vào hoạt động đúng đắn của cơ quan Nhà nước, gây ảnh hưởng xấu đến dư luận xã hội đối với các cơ quan Nhà nước, đặc biệt là trong lĩnh vực công ích, cây xanh, lĩnh vực phục vụ trực tiếp chất lượng đời sống, văn hóa của nhân dân Thủ đô nói riêng và cả nước nói chung.
Trong quá trình điều tra và tại phiên tòa, bị cáo Nguyễn Đức Chung khai báo quanh co, chối tội, không thừa nhận hành vi phạm tội. Tuy nhiên, căn cứ lời khai của các nhân chứng, người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan và các bị cáo khác, xác định bị cáo Chung đã có hành vi phạm tội.
Được nói lời sau cùng, tại toà, bị cáo Nguyễn Đức Chung mong HĐXX các tình tiết giảm nhẹ cho mình, trong đó xem xét về yếu tố bệnh tật. Cùng với đó, ông Chung cũng mong hội đồng xem xét được giảm nhẹ nhất hình phạt để bị cáo được "bình đẳng như các công dân khác để có điều kiện sau này được chăm sóc mẹ già".
Đây là vụ án thứ 4 cựu chủ tịch UBND TP Hà Nội Nguyễn Đức Chung bị khởi tố, truy tố. Cựu chủ tịch Hà Nội đang thi hành tổng cộng 12 năm tù tại 3 vụ án: chiếm đoạt tài liệu mật liên quan vụ án Nhật Cường, mua sắm chế phẩm Redoxy-3C, can thiệp đấu thầu tại Sở Kế hoạch và Đầu tư Hà Nội.