Khi thấy thủ cấp tướng địch được dâng lên, vua Trần Nhân Tông đã tỏ ra vô cùng thương hại và cởi áo đắp lại.
Trần Nhân Tông (1258 - 1308) là vua thứ ba triều Trần, tên húy là Trần Khâm, sinh năm Mậu Ngọ, là con trai trưởng của Trần Thái Tông. Theo “Đại Việt Sử ký Toàn thư”, ngay từ khi sinh, vua đã “tinh anh thánh nhân, thuần túy đạo mạo, sắc thái như vàng, thể chất hoàn hảo, thần khí tươi sáng”, nên vua cha và ông nội Trần Thái Tông đã gọi ông là Kim Tiên đồng tử.
Nhờ trí tuệ sáng suốt, được dạy dỗ cẩn trọng, Trần Khâm am hiểu tường tận nhiều lĩnh vực về quân sự, âm nhạc, lịch số học và thiên văn học… Năm 21 tuổi, ông được truyền ngôi.
Thấy rõ nền độc lập của Đại Việt bị đe dọa bởi nguy cơ xâm lược đến từ nhà Nguyên, vua đã có nhiều nỗ lực nhằm phát triển kinh tế, đảm bảo sự ổn định và đoàn kết trong nước.
Vua ứng xử vừa khéo léo, vừa cứng rắn với nhà Nguyên, đồng thời chuẩn bị cho cuộc chiến tranh bảo vệ đất nước không thể tránh khỏi sau này.
Tháng 10/1282, vua Trần Nhân Tông mở hội nghị Bình Than thảo luận với bá quan để tổ chức kháng chiến. Cùng với Trần Quốc Tuấn, Trần Nhân Tông đã trực tiếp chỉ đạo các hoạt động huấn luyện, diễn tập quân đội, chia quân trấn giữ các địa bàn quan trọng trong cả nước.
Đầu năm 1284, vua Nguyên sai Thoát Hoan mang 50 vạn quân lấy cớ “mượn đường đánh Chiêm Thành” để xâm lược nước ta. Chúng vượt biên giới, đánh bại quân ta ở một số nơi. Trước sức mạnh của kẻ địch, Trần Quốc Tuấn phải rút quân về Vạn Kiếp. Nhận được tin, Trần Nhân Tông bỏ cả bữa ăn sáng để đi thuyền xuống hội kiến với Trần Quốc Tuấn.
Tháng 2/1285, Thoát Hoan sai Ô Mã Nhi đem binh thuyền tấn công Vạn Kiếp. Quân Đại Việt do vua và Trần Quốc Tuấn chỉ huy đánh trả quyết liệt, giết được tướng Nguyên là Nghê Nhuận. Sau đó, Ô Mã Nhi tổ chức bao vây 10 vạn quân ta tại Bình Than, một trận thủy chiến lớn diễn ra giữa đôi bên.
Sau trận này, Thái thượng hoàng Trần Thánh Tông, vua Nhân Tông cùng Trần Quốc Tuấn rút đại quân về đóng trên sông Hồng, tập trung thủy quân và xây dựng các chiến lũy bằng gỗ trên bờ Nam để cầm chân quân Nguyên, tạo thời gian cho việc sơ tán quân dân khỏi kinh thành theo kế “vườn không, nhà trống”.
Tháng 3/1285, cánh quân Nguyên của Toa Đô từ Chiêm Thành đánh thốc vào phía Nam Đại Việt. Hai vua Trần và Trần Quốc Tuấn sai Trần Quang Khải đón đánh Toa Đô ở Nghệ An.
Do chệnh lệnh lớn về lực lượng, Trần Quốc Tuấn phải đưa hai vua rút về vùng bờ biển ở Quảng Ninh, Hải Phòng. Trong hành trình rút lui, hai vua bị quân Nguyên đuổi gấp.
Khi thấy quân Toa Đô đã rời Thanh Hóa tiến lên đóng ở Trường Yên (Ninh Bình), vua Nhân Tông và phụ hoàng lại vượt biển vào Thanh Hóa, thoát khỏi thế bị đối phương kìm kẹp.
Theo “Đại Việt sử ký toàn thư”, tại Thanh Hóa, hai vua Trần đã chỉnh đốn, tổ chức lại lực lượng. Trần Nhân Tông nhận định: “Giặc nhiều năm phải đi xa, lương thảo chuyên chở hàng vạn dặm, thế tất mỏi mệt. Lấy nhàn chống mệt, trước hết hãy làm chúng nhụt chí, thì ắt là đánh bại được chúng”.
Từ đây, hai vua và Trần Quốc Tuấn chia đại quân thành nhiều mũi phản công. Dưới sự thống lĩnh của Hưng Đạo vương, các cánh quân ta đã liên tiếp đánh thắng quân Nguyên nhiều nơi, giải phóng Thăng Long. Bản thân hai vua cũng thân chinh ra Bắc, đánh tan một cánh quân Nguyên trong trận Trường Yên vào tháng 6 năm 1285.
Ngày 24 tháng 6, hai vua tiến đánh cánh quân Toa Đô tại Tây Kết (Khoái Châu - Hưng Yên). Toa Đô bị chém chết tại trận, quân ta bắt hơn 5 vạn quân địch và tịch thu vô số khí giới.
Cùng lúc đó, Trần Quốc Tuấn mở nhiều cuộc tấn công lớn trên bờ Bắc sông Hồng và đánh tan cánh quân Thoát Hoan khỏi Đại Việt. Tháng 7/1285, hai vua ca khúc khải hoàn trở về Thăng Long, vua Nhân Tông đã phóng thích các tù binh về nước.
Thất bại trong cuộc chiến tranh xâm lược lần thứ 2, khiến Hốt Tất Liệt càng thêm căm phẫn, quyết tâm trả thù bằng mọi giá.
Cuối năm 1286, vua Nguyên lại huy động 30 vạn quân và hàng trăm chiến thuyền chuẩn bị xâm lược Đại Việt. Tháng 12 năm 1287, quân thủy bộ nhà Nguyên chia làm 3 đạo tiến vào Đại Việt. Tháng 2/1288, quân Nguyên đánh phá Thăng Long. Quân Đại Việt bỏ thành rút lui tiếp tục thực hiện “vườn không, nhà trống”.
Sau khi vào Thăng Long, Thoát Hoan sai Ô Mã Nhi truy đuổi vua Trần, nhưng vua Thánh Tông và Nhân Tông đã lui xuống hạ lưu sông Hồng rồi eo cửa Giao Thủy đi ra biển vòng lên Đồ Sơn.
Thoát Hoan đành thu quân về Thăng Long, sau đó cử Ô Mã Nhi đi tìm đoàn thuyền lương của Trương Văn Hổ. Lúc này hai vua và Trần Quốc Tuấn đã tập trung quân thủy bộ ở Tháp Sơn (Đồ Sơn). Khi quân Ô Mã Nhi qua đây, Trần Nhân Tông tổ chức tập kích ở cửa Văn Úc và trên biển gần Tháp Sơn, gây nhiều thiệt hại cho quân Nguyên. Ô Mã Nhi bèn dẫn quân trở lại Vạn Kiếp.
Đóng ở Thăng Long không có lương thực, lại bị quân ta phản công mạnh mẽ, buộc Thoát Hoan phải rút quân khỏi Thăng Long quay về Vạn Kiếp.
Cuối tháng 3/1288, Thoát Hoan quyết định lui quân khỏi Đại Việt, Ô Mã Nhi được lệnh dẫn một cánh quân thủy rút về trước, nhưng ngày 9/4, cánh quân này lọt vào trận địa mai phục của đại quân ta ở sông Bạch Đằng. Dưới sự chỉ huy trực tiếp của hai vua và Trần Quốc Tuấn, quân ta đã tiêu diệt toàn bộ cánh thủy quân Nguyên, bắt sống nhiều tướng lĩnh và tịch thu hàng trăm thuyền chiến.
Một ngày trước trận Bạch Đằng, đại quân Nguyên bắt đầu rút từ Vạn Kiếp lên Lạng Sơn. Quân ta liên tục phục kích, chặn đánh gây cho quân Nguyên tổn thất rất lớn. Đến ngày 19/4/1288, quân Nguyên đã bị đánh bật hoàn toàn khỏi Đại Việt.
Theo “Đại Việt sử ký toàn thư”, khi thủ cấp Toa Đô được dâng lên, vua Trần Nhân Tông thương hại nói: “Người làm tôi phải nên như thế này”. Rồi cởi áo đắp lại, sai quân đem liệm chôn.
Hành động của vua được Ngô Sĩ Liên nhận xét: “Thực là câu nói của bậc đế vương. Nói rõ đại nghĩa để người bề tôi muôn đời biết rằng trung với vua, chết vì phận sự là vinh, tuy chết mà bất hủ, mối quan hệ lớn lắm vậy. Huống chi lại cởi áo ngự, sai người liệm chôn nữa. Làm vậy có thể khích lệ sĩ khí để trừ giặc mạnh là phải lắm”.