Tính đến tháng 3-2010, Công ty Huy Hoàng thực hiện giai đoạn 1 của dự án đạt 60%, chậm hơn kế hoạch. Tuy nhiên, ông Tân cùng đồng phạm vẫn đề xuất, duyệt cấp tiếp kinh phí đợt 2 số tiền 700 triệu đồng. Sau khi nhận kinh phí đợt 2, Công ty Huy Hoàng không hoàn thành được dự án, cũng không hoàn trả kinh phí phải thu hồi.
Trong khi đó, ngày 9-9-2009, Nguyễn Trọng Vũ có công văn gửi Sở Khoa học - Công nghệ đề nghị được vay 10 tỉ đồng thực hiện dự án 2. Hồ sơ vay của Công ty Huy Hoàng cung cấp để thẩm định có 6 phiếu thu thể hiện số tiền góp vốn của cổ đông, thư hứa cấp tín dụng của ngân hàng…
Tháng 4-2010, Quỹ Đầu tư phát triển đô thị TP HCM (HĐXX nhận định quỹ này không có trách nhiệm thẩm định hồ sơ cho vay) ký hợp đồng cho Công ty Huy Hoàng vay 10 tỉ đồng, thời hạn 48 tháng, lãi suất 0%. Sau khi được giải ngân 3 đợt, ngày 24-11-2011, Nguyễn Trọng Vũ xuất cảnh, bỏ trốn sang Mỹ.
HĐXX xác định Nguyễn Trọng Vũ trực tiếp gây ra hậu quả vụ án. Về nguyên tắc, Vũ bị buộc hoàn trả số tiền cho Sở Khoa học - Công nghệ TP HCM đã bị thiệt hại. Tuy nhiên, để đảm bảo thu hồi tài sản của nhà nước, trước khi xét xử Vũ, các bị cáo trong vụ án này phải liên đới bồi thường thiệt hại theo tính chất mức độ, vai trò của từng bị cáo.
Trên cơ sở nhận định về vụ án, HĐXX tuyên phạt các bị cáo:
- Phan Minh Tân (cựu Giám đốc Sở Khoa học - Công nghệ TP HCM): 5 năm tù giam.
- Nguyễn Quốc Thái (cựu phó trưởng Phòng Quản lý công nghệ): 2 năm tù cho hưởng án treo (thời gian thử thách 4 năm).
- Phan Thu Nga (cựu trưởng Phòng Quản lý khoa học): 3 năm tù cho hưởng án treo (thời gian thử thách 5 năm).
- Võ Thùy Linh (cựu trưởng Phòng Kế hoạch tài chính): 3 năm tù giam.
- Chu Bá Long (cựu cán bộ Phòng Quản lý công nghệ): 2 năm tù cho hưởng án treo (thời gian thử thách 4 năm).
- Khuất Duy Vĩnh Long (cựu trưởng phòng Quản lý công nghệ; đang bị truy nã): 10 năm tù giam.
Về dân sự, HĐXX buộc các bị cáo liên đới bồi thường thiệt hại trong vụ án. Cụ thể, bị cáo Tân: 6,9 tỉ đồng (ghi nhận đã khắc phục hơn 2 tỉ đồng); Linh: hơn 5,5 tỉ đồng; Vĩnh Long: 4,6 tỉ đồng; Nga: 4,4 tỉ đồng (ghi nhận đã khắc phục 700 triệu đồng); Thái: 135 triệu đồng (ghi nhận đã khắc phục 11 triệu đồng); Bá Long: 135 triệu đồng (ghi nhận đã khắc phục 10 triệu đồng).