Phía Bộ Y tế sau đó thành lập Hội đồng thẩm định cơ sở và lựa chọn Công ty Dược Cửu Long tham gia sản xuất thuốc Oseltamivir. Cơ quan liên ngành sau nhiều lần thẩm định đã thống nhất giá mỗi viên Oseltamivir hơn 27.000 đồng.
Đầu năm 2006, dịch H5N1 cơ bản được khống chế nên Bộ Y tế điều chỉnh giảm số lượng thuốc Oseltamivir dự trữ, trong đó hợp đồng mua với Công ty Dược Cửu Long giảm từ 13 triệu xuống 5 triệu viên.
Từ tháng 2 - 4/2006, Công ty Dược Cửu Long đã nhập 520kg nguyên liệu Oseltamivir với giá 9,1 triệu USD của Công ty Mambo (Singapore). Doanh nghiệp này đã thanh toán 5,25 triệu USD cho bên bán, còn lại 3,84 triệu USD (tương đương hơn 61 tỷ đồng) được trả chậm 6 tháng kể từ ngày nhận hàng.
Sau khi nguyên liệu nhập về, Công ty Dược Cửu Long sản xuất được 2,5 triệu viên, còn lại lưu trữ dưới dạng nguyên liệu 257kg. Do giá nguyên liệu giảm, ông Lương Văn Hóa đã chỉ đạo cấp dưới đề nghị Công ty Mambo "bớt" số tiền còn lại. Việc "bớt" này ông Hóa không báo cáo Bộ Y tế.
Căn cứ hồ sơ nhập hàng, Bộ Y tế đã nhiều lần thanh toán cho Dược Cửu Long với tổng số hơn 143 tỷ đồng. Số tiền này chưa bao gồm chi phí gia công của 257kg nguyên liệu chưa sản xuất.
Năm 2007, để thanh quyết toán kinh phí phòng chống dịch, bà Phạm Thị Minh Nga đã trình ký biên bản thanh lý hợp đồng với Công ty Dược Cửu Long. Quá trình này, bà Nga cùng những người khác đã không rà soát, không phát hiện Công ty Dược Cửu Long được giảm giá 3,84 triệu USD.
Cơ quan truy tố cáo buộc, ông Cao Minh Quang là Trưởng ban chỉ đạo các vấn đề liên quan thuốc Tamiflu, có trách nhiệm kiểm tra việc quản lý giá với các doanh nghiệp sản xuất thuốc theo đơn đặt hàng của Bộ Y tế. Sau khi kiểm tra theo chỉ đạo của Thủ tướng, ông Quang biết rõ Công ty Dược Cửu Long chưa thanh toán 3,84 triệu USD mua nguyên liệu nhưng không chỉ đạo kiểm tra, làm rõ.
Khi Bộ Tài chính có văn bản đề nghị Bộ Y tế làm rõ bản chất số tiền mà Dược Cửu Long chậm trả nhà cung cấp để có biện pháp thu hồi tài sản cho Nhà nước nhưng ông Quang không thực hiện. Do đó, hành vi này của ông Quang bị đánh giá gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 3,84 triệu USD. Quá trình điều tra, ông Quang đã tự nguyện khắc phục 1,5 tỷ đồng.
Còn cựu Cục phó Cục Quản lý Dược Nguyễn Việt Hùng được giao làm trưởng đoàn liên ngành kiểm tra mua, sản xuất thuốc dự trữ nhưng không chỉ đạo kiểm tra trực tiếp sổ sách, kế toán, báo cáo tài chính và hạch toán số tiền 3,84 triệu USD; thiếu trách nhiệm khi không tổng hợp lấy ý kiến liên ngành để làm rõ số tiền trên mà chỉ dựa vào báo cáo của Công ty Dược Cửu Long.