Ngoài ra, ông Trịnh còn hướng dẫn Phan Quốc Việt soạn công văn đề nghị cấp số đăng ký lưu hành khẩn cấp cho test xét nghiệm của Việt Á, gửi ông Trịnh kiểm duyệt nội dung trước khi gửi cho Bộ Y tế.
Đồng thời, ông Trịnh chỉ đạo Nguyễn Huỳnh kiểm tra và giới thiệu cho Việt đơn vị thuộc Bộ Y tế có chức năng kiểm định chất lượng sinh phẩm y tế để Việt liên hệ, thực hiện kiểm định chất lượng test xét nghiệm phục vụ lập hồ sơ xin cấp số đăng ký lưu hành.
Ngoài ra, Nguyễn Văn Trịnh còn can thiệp, tác động bị can Nguyễn Minh Tuấn (cựu Vụ trưởng Trang thiết bị và công trình y tế) hoàn thiện hồ sơ cấp số đăng ký lưu hành trình lãnh đạo Bộ Y tế ký quyết định trái với quy định tại Nghị định 169.
Cũng nhờ ông Trịnh tác động, bị can Nguyễn Nam Liên, cựu Vụ trưởng Kế hoạch tài chính giúp Công ty Việt Á được Bộ Y tế sử dụng nguồn tiền tài trợ từ các ngân hàng để thanh toán tiền mua 200,000 test xét nghiệm với đơn giá 470.000 đồng. Khi đó, đơn giá này đang bị Bộ Y tế kiểm tra, chưa có căn cứ để thanh toán.
Hành vi của ông Nguyễn Văn Trịnh đã giúp Công ty Việt Á biến test xét nghiệm thuộc sở hữu Nhà nước thành sản phẩm của công ty, được sản xuất, bán thương mại trái phép gây ra thiệt hại hơn 1.200 tỉ đồng trong vụ án, trong đó thiệt hại cho Ngân sách Nhà nước là 402 tỉ đồng.
Quá trình giúp Công ty Việt Á trái quy định pháp luật, Nguyễn Văn Trịnh được Phan Quốc Việt cảm ơn hai lần với tổng số tiền 200.000 USD (tương đương hơn 4,5 tỉ đồng).
VKS xác định ông Trịnh do có động cơ vụ lợi và động cơ cá nhân đã lợi dụng chức vụ quyền hạn, cương vị công tác là trợ lý Phó thủ tướng Chính phủ để can thiệp, tác động trái pháp luật đến các cơ quan, cá nhân có thẩm quyền, giúp Phan Quốc Việt xuyên suốt trong quá trình biến test xét nghiệm từ sản phẩm nghiên cứu thuộc sở hữu Nhà nước thành sản phẩm thương mại thuộc sở hữu của Công ty Việt Á. Bị can đã giúp Công ty Việt Á sản xuất, bán thương mại với giá nâng khống trên phạm vi cả nước.