Trong vụ án, cơ quan truy tố kết luận, bị can Lê Thanh Thản đã tự ý chuyển đổi mục đích sử dụng đất, xây dựng vi phạm nghiêm trọng quy hoạch được cấp có thẩm quyền phê duyệt.
Cụ thể, đối với khối nhà cao tầng, đã tăng diện tích xây dựng; tăng chiều cao công trình, thay đổi công năng sử dụng; xây dựng tăng căn hộ và xây thêm 1 tòa CT6C không nằm trong quy hoạch được duyệt.
Đối với nhà thấp tầng, ông Thản đã tự ý cho tăng diện tích đất được xây dựng và số căn thấp tầng, vi phạm chỉ giới đường đỏ. Từ tháng 3/2011, bị can Lê Thanh Thản đã quảng cáo gian dối về tính pháp lý của dự án rằng: “Dự án đã được phê duyệt, thiết kế căn hộ và thiết kế công trình tuân thủ các quy định về xây dựng, giá bán căn hộ đã bao gồm giá trị quyền sử dụng đất... “ để bán các căn hộ CT6 Kiến Hưng cho khách hàng.
“Kết quả điều tra xác định bị can Lê Thanh Thản đã bán 488 căn hộ cho 488 khách hàng không được Nhà nước công nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà và tài sản khác gắn liền với đất, thu lợi bất chính tổng số tiền hơn 481 tỷ đồng”, cáo trạng nêu.
Đối với Công ty Bemes của bị cáo Thản, Viện kiểm sát đánh giá có nhiều vi phạm trong hoạt động xây dựng thuộc các lĩnh vực thiết kế, thi công, giám sát, nghiệm thu...để tạo lập các căn hộ của dự án CT6 Kiến Hưng trái pháp luật, không đủ điều kiện cấp sổ đỏ đưa vào giao dịch về nhà ở.
Các bị cáo Đỗ Văn Hưng, Nguyễn Duy Uyển, Bùi Văn Bằng, Nguyễn Văn Năm, Vương Đăng Quân và Mai Quang Bài, bị quy kết đã không thanh tra, kiểm tra phát hiện vi phạm để ngăn chặn, xử lý đối với các sai phạm tại công trình xây dựng CT6 Kiến Hưng theo quy định, gây thiệt hại cho người dân.