Đối với Công ty Sài Gòn Đại Ninh, từ khi thành lập đến nay chỉ được cấp giấy chứng nhận đầu tư một dự án là Khu đô thị thương mại, du lịch, nghỉ dưỡng sinh thái Đại Ninh tại huyện Đức Trọng, tỉnh Lâm Đồng. Công ty do bà Phan Thị Hoa làm chủ tịch HĐQT kiêm Tổng giám đốc, không liên quan đến ông Trí.
Đến năm 2020, Trí ký hợp đồng với bà Hoa thỏa thuận về việc mua lại 100% vốn điều lệ với giá 5.000 tỉ đồng. Sau nhiều lần mua bán, Nguyễn Cao Trí đã sở hữu thành công 58% vốn điều lệ, trở thành người đại diện theo pháp luật của Sài Gòn Đại Ninh và đã thanh toán cho bà Hoa 2.230 tỉ đồng.
Sau khi mua cổ phần Công ty Sài Gòn Đại Ninh, bị can Trí lập tức thỏa thuận bán lại cho bà Trương Mỹ Lan 100% vốn đang sở hữu với giá 3.000 tỉ đồng. Sau đó, bị can Lan 5 lần chuyển tiền đặt cọc cho Trí với tổng cộng 20 triệu USD (khoảng 460 tỉ đồng) và 127 tỉ đồng. Tuy nhiên, sau đó, bà Lan đổi ý không mua cổ phần của Sài Gòn Đại Ninh nữa nên chuyển một triệu USD đặt cọc và 127 tỉ đồng thành mua 10% vốn điều lệ Công ty Văn Lang.
Đối với dự án khu công nghiệp tại huyện Hải Hà, cơ quan điều tra xác định giữa năm 2020 Công ty CP Tập đoàn Bến Thành Holdings Group của Trí xin nghiên cứu đầu tư dự án này và được UBND tỉnh Quảng Ninh chấp thuận.
Sau đó, Trí đồng ý cho bị can Trương Mỹ Lan cùng tham gia. Sau khi đã chuyển 9,5 triệu USD (220 tỉ đồng), nữ chủ tịch Vạn Thịnh Phát thay đổi ý định, không tiếp tục tham gia dự án mà đề nghị chuyển số tiền trên cùng một số khoản khác để mua 10% vốn điều lệ Công ty Văn Lang.
Cơ quan điều tra xác định cả ba khoản tiền đầu tư trên đều không có giấy tờ, biên nhận nên tháng 1-2021, Trí gặp bị can Trương Mỹ Lan đã thống nhất cầm 1.000 tỉ đồng" (827 tỉ đồng gốc và 173 tỉ tiền lãi) của nữ chủ tịch Vạn Thịnh Phát.
Để bị can Trương Mỹ Lan tin tưởng, Trí đồng ý chuyển nhượng 10% vốn điều lệ Công ty Văn Lang cho người đại diện của nữ chủ tịch Vạn Thịnh Phát đứng tên.
Tuy nhiên, sổ sách kế toán của công ty không ghi nhận việc chuyển nhượng vốn điều lệ trên. Tháng 10-2022, sau khi bị can Trương Mỹ Lan bị bắt giam, Nguyễn Cao Trí chỉ đạo trợ lý soạn thảo các văn bản điều chỉnh giá và thanh lý toàn bộ hợp đồng chuyển nhượng đã ký trước đó. Mục đích làm việc này của Trí nhằm xóa bỏ quyền sở hữu tại Công ty Văn Lang của bà Lan để chiếm đoạt tiền.
Ban đầu, tại cơ quan điều tra, bị can Trí khẳng định không nhận khoản tiền nào và còn có nhiều đơn gửi đi các nơi cho rằng "bị bà Lan bôi nhọ danh dự". Tuy nhiên, sau đó, ông này đã thừa nhận hành vi và đã nộp 640 tỉ đồng để khắc phục hậu quả.