Tuy vậy, bị can Nguyễn Cao Trí thỏa thuận cho Trương Mỹ Lan tham gia dự án và chủ tịch Vạn Thịnh Phát đã 2 lần chuyển tổng cộng 9,5 triệu USD (hơn 220 tỉ đồng) cho đối tác. Sau đó, bị can Lan lại không tham gia dự án nữa và yêu cầu chuyển số 9,5 triệu USD này thành tiền mua 10% vốn Công ty Văn Lang.
Trong cả ba lần hợp tác nói trên, Trương Mỹ Lan đã chuyển cho Nguyễn Cao Trí tổng cộng 1.000 tỉ đồng song đều không có giấy tờ biên nhận. Đến tháng 1-2021, hai bị can mới gặp nhau để "chốt" các khoản tiền đã giao dịch.
Tháng 10-2022, bị can Trương Mỹ Lan bị khởi tố, bắt tạm giam, Nguyễn Cao Trí đã chỉ đạo cấp dưới soạn thảo các văn bản thanh lý hợp đồng ủy thác đầu tư 31,22% vốn điều lệ công ty cao su công nghiệp, điều chỉnh giá và thanh lý hợp đồng chuyển nhượng 10% vốn điều lệ tại Công ty Văn Lang. Tiếp đó, Nguyễn Cao Trí hẹn gặp và yêu cầu Hồ Quốc Minh (người đứng tên sở hữu cổ phần cho bà Trương Mỹ Lan) ký hồ sơ thanh lý hợp đồng đã soạn trước. Sau đó, người này đưa hồ sơ yêu cầu nhân viên hoàn thiện các thủ tục thanh lý hợp đồng, ghi lùi ngày trong văn bản.
Ban đầu, bị can Nguyễn Cao Trí không thừa nhận được nhận bất cứ khoản tiền nào của bị can Trương Mỹ Lan và có đơn gửi nhiều nơi khẳng định không có quan hệ kinh tế, nhận tiền của người phụ nữ này. Tuy nhiên, tài liệu điều tra xác định sau khi bị can Trương Mỹ Lan bị bắt, ông Trí đã lập, ký khống các thủ tục thanh lý hợp đồng chuyển nhượng cổ phần Công ty Văn Lang "khống, hợp thức hóa lùi ngày, tháng năm", để chiếm đoạt số tiền 1.000 tỉ đồng.
Đến khi làm việc với cơ quan điều tra, ông Trí tiếp tục khẳng định không có quan hệ kinh tế, nhận tiền của bị can Trương Mỹ Lan và cho rằng người phụ nữ này "vu khống, bôi nhọ mình" nhận tiền.
Hiện tại, bị can Nguyễn Cao Trí đã thừa nhận hành vi của mình với cáo buộc phạm vào tội "Lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản". Bị can này đã bị thu giữ gần 94 tỉ đồng, bị kê biên 7 bất động sản và gia đình ông ta cũng nộp thêm 640 tỉ đồng để khắc phục hậu quả.