Theo quy định của ngành hàng không, khi kiểm soát viên không lưu đọc huấn lệnh, tổ bay phải đọc nhắc lại để đảm bảo rằng việc nhận huấn lệnh đầy đủ, chính xác. Nếu tổ bay không nhắc lại, hoặc nhắc sai, kiểm soát viên không lưu phải tiếp tục đưa ra yêu cầu.
Tuy nhiên, thực tế sự cố trên , tổ lái chuyến bay AIQ645 đã không nhắc lại đầy đủ huấn lệnh và kiểm soát viên không lưu điều hành chuyến bay cũng không phát hiện ra thiếu sót này. Từ đây dẫn tới, dù chỉ cấp huấn lệnh lăn ra đường băng và chờ cất cánh (chưa cấp lệnh cất cánh), nhưng tổ bay AIQ645 vẫn thực hiện chạy đà cất cánh trên đường băng 11 (phải) khi phía trước còn một máy bay khác đang lăn qua đường băng.
Thậm chí, máy bay AIQ645 chạy đà cũng chỉ được kiểm soát viên không lưu phát hiện ra khi gần đạt tốc độ để cất cánh, nên nhân viên điều hành bay đã không thực hiện lệnh huỷ cất cánh với chuyến bay này.
Trước đó, vào 21h20 ngày 24/6, tại sân bay quốc tế Nội Bài, sự việc diễn ra lúc khoảng cách giữa 2 máy bay tầm 1,5km. Đáng chú ý, sự cố trên xảy ra ngày 24/6, nhưng phải tới ngày 30/6 Tổng công ty Quản lý bay Việt Nam mới nhận được báo cáo của đơn vị cấp dưới về sự việc. Đơn vị này lập tức báo cáo Cục Hàng không, lập tổ điều tra nội bộ; tạm đình chỉ hoạt động của tổ kiểm soát không lưu để xảy ra sự cố trên.