Cáo trạng xác định ở giai đoạn 2 cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi dài 7 km, dự án sử dụng vốn vay của Ngân hàng Thế giới (WB) và do Tổ chức tư vấn CDM Smith Inc của Mỹ thực hiện giám sát thi công. Phụ trách thi công đều là những tập đoàn lớn của nước ngoài gồm Lotte E&C, Posco E&C (Hàn Quốc); Shandong Luquao Group - Sơn Đông, Jiangsu Provincial - Giang Tô (Trung Quốc). Việc chỉ dẫn kỹ thuật do liên danh các nhà thầu Nippon Koei - Nippon Engineering (Nhật Bản) - Chodai và Thai Engineering (cùng từ Thái Lan) thực hiện khảo sát, lập thiết kế kỹ thuật và dự toán.
Trong quá trình xây dựng, 22 bị cáo trong vụ án cùng nhiều người khác không tuân thủ quy định từ khâu lựa chọn vật liệu, thiết kế trộn, thi công… Lúc nghiệm thu, họ không đo đạc đầy đủ và có những hạng mục được nghiệm thu dù vắng mặt đại diện Ban quản lý dự án.
Cơ quan tố tụng cáo buộc hành vi của bị cáo khiến cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi không đảm bảo chất lượng vẫn được đưa vào vận hành và sau đó hư hỏng. Việc này gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 460 tỉ đồng tại giai đoạn 2 dài 74 km.
Ngoài xử lý 22 bị can nói trên, cơ quan điều tra xác định có 27 đối tượng nước ngoài đã thực hiện phạm tội liên quan các gói thầu thuộc giai đoạn 2 dự án. Cảnh sát đã gửi yêu cầu tương trợ tư pháp đến cơ quan có thẩm quyền của các quốc gia trên song đến nay chưa có kết quả nên được tách hồ sơ, xử lý sau.
Trong vụ án, Bộ Giao thông Vận tải được xác định là "Người quyết định đầu tư" và quản lý công trình. Đơn vị này từng 81 lần kiểm tra hiện trường nhưng không phát hiện vi phạm. Tuy vậy cơ quan điều tra cho rằng không có căn cứ xử lý hình sự với các cá nhân liên quan ở Bộ Giao thông Vận tải, chỉ đề nghị xử lý họ theo quy định của Đảng và chính quyền.