Định hướng phát triển giai đoạn 2020 - 2025, Trường ÐH Cần Thơ tập trung cho 5 lĩnh vực ưu tiên: Ứng dụng công nghệ cao trong nông nghiệp - thủy sản - môi trường; quản lý và sử dụng bền vững tài nguyên thiên nhiên; kỹ thuật công nghệ và công nghệ thông tin - truyền thông; khoa học giáo dục, luật, xã hội nhân văn; phát triển kinh tế thị trường. Trường đang đào tạo 84 ngành bậc đại học và 72 chuyên ngành sau đại học (thạc sĩ và tiến sĩ).
Là trường đại học trọng điểm của vùng ĐBSCL, với quy mô đào tạo khoảng 40 nghìn sinh viên, học viên, Trường ĐH Cần Thơ có vị thế trụ cột trong hệ thống giáo dục bậc cao của Việt Nam, được Chính phủ xếp vào nhóm trường đại học trọng điểm quốc gia của cả nước.
Đến nay, Trường ĐH Cần Thơ đã thành lập 5 trường trực thuộc. Theo GS.TS Hà Thanh Toàn - Thường trực Hội đồng trường, nguyên Hiệu trưởng Trường ĐH Cần Thơ, việc thành lập các trường trực thuộc nhằm đảm bảo hoạt động tối ưu về bộ máy quản lý, con người. Trường ĐH Cần Thơ sẽ thành đại học của khu vực và thành lập 2 phân hiệu Trường ĐH Cần Thơ tại tỉnh Sóc Trăng và Hậu Giang.
Thành lập trường trong trường giúp phân cấp, quyền được đẩy mạnh; tăng vai trò chủ động sáng tạo ở cấp dưới và tạo động lực phát triển đến từng giảng viên. Các trường chuyên ngành sẽ xây dựng chiến lược phát triển gắn với thế mạnh trong việc xác định tầm nhìn, sứ mạng để phục vụ cộng đồng.
Đặc biệt, việc thành lập 2 phân hiệu tại tỉnh Hậu Giang và Sóc Trăng là bước tiến quan trọng trong phát triển Trường ĐH Cần Thơ thành ĐH Cần Thơ với mô hình tổ chức của đại học công lập đa ngành, lĩnh vực, bảo đảm chất lượng đào tạo, phát triển và đẩy mạnh nghiên cứu khoa học, chuyển giao công nghệ, hợp tác trong và ngoài nước, hỗ trợ cho sự phát triển, xây dựng mạng lưới các trường đại học vùng ĐBSCL.
Để đáp ứng yêu cầu quy hoạch mạng lưới cơ sở giáo dục đại học, PGS.TS Lương Minh Cừ - Bí thư Đảng ủy, Hiệu trưởng Trường ĐH Cửu Long cho biết: Các cơ sở giáo dục đại học có sự chuẩn bị cho bước phát triển thời gian tới với tầm nhìn chiến lược.
Đặc biệt, xây dựng hệ thống cơ sở giáo dục đại học mới phải đồng bộ mạng lưới giáo dục hiện có; chuẩn bị đội ngũ giảng viên chất lượng và cơ sở vật chất phù hợp để đào tạo nguồn nhân lực phục vụ ngành, nghề trọng điểm được định hướng phát triển; cần có giải pháp thu hút các tổ chức, doanh nghiệp đầu tư cơ sở vật chất, hỗ trợ chương trình đào tạo các trường đại học…