Hằng năm, việc tuyển sinh vào lớp 6 của nhà trường luôn nhận được sự quan tâm, ủng hộ của đông đảo nhân dân Thủ đô, đòi hỏi nhà trường cần có sự nỗ lực rất cao và nghiên cứu kỹ các quy định của ngành nhằm xây dựng tiêu chí tuyển sinh hợp lý, tạo thuận lợi cho học sinh, đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ.
Sở GD&ĐT Hà Nội đã chỉ đạo nhà trường thực hiện công tác tuyển sinh; tổ chức giảng dạy đúng quy định; lắng nghe, tiếp thu ý kiến của cha mẹ học sinh để nghiên cứu trong những năm học tới tiếp tục hoàn thiện các tiêu chí tạo thuận lợi cho học sinh và phù hợp với việc dạy học, đánh giá theo hướng dẫn của Bộ GD&ĐT.
Trước đó, nhiều phụ huynh phản ánh với Sở GD&ĐT Hà Nội về việc con em họ đạt điểm 10 phần lớn môn ở tiểu học nhưng vẫn không được dự thi vào lớp 6 trường chuyên Hà Nội-Amsterdam. Các phụ huynh cho biết khoảng 100 người rơi vào trường hợp này. Hồ sơ của các con bị loại vì có một số môn học ở mức "Hoàn thành", trong khi phần đánh giá chung cuối năm học trong học bạ vẫn là "Hoàn thành tốt" hoặc "Hoàn thành xuất sắc".