Tháng 5-2023, UBKT Tỉnh ủy Gia Lai kỷ luật khiển trách ông Huỳnh Minh Sở vì liên quan đến các khuyết điểm, sai phạm theo Thông báo số 314 của UBKT Trung ương.
Cụ thể, ông Sở vi phạm vi phạm pháp luật về đất đai khi ký và tham mưu ký cấp GCN Khu A thuộc dự án khu biệt thự nhà ở thuộc Khu phức hợp Đắk Đoa, huyện Đắk Đoa; dự án tổ hợp khách sạn, hội nghị và thương mại 5 sao, Khu nhà phố Thương mại FLC Pleiku Centre Point (TP Pleiku); ký phiếu chuyển thông tin địa chính dự án Nhà máy điện gió phát triển miền núi và dự án Nhà máy điện gió chế biến Tây Nguyên.
Ngày 5-12, UBND tỉnh Gia Lai có quyết định miễn nhiệm chức vụ Phó Giám đốc với ông Sở. Căn cứ quyết định này, lãnh đạo Sở TN&MT Gia Lai họp thống nhất chủ trương bố trí công chức sau miễn nhiệm, từ đó Giám đốc Sở ký quyết định bố trí ông Sở về công tác tại phòng Thanh tra.