Bị cáo còn tự ý cho chuyển đổi mục đích sử dụng đất, xây dựng sai quy hoạch, xây tăng số lượng căn hộ, tăng chiều cao công trình và xây thêm tòa nhà CT6C mà không có trong hồ sơ thiết kế.
Cơ quan tố tụng kết luận các tòa CT6A, CT6B, CT6C có tổng cộng 1.582 căn hộ trong khi quy hoạch chỉ có 231 căn hộ và gần 500 phòng khách sạn. Chủ đầu tư cũng tăng diện tích tầng hầm từ hơn 5.700m2 lên hơn 6.800m2, khối tháp A từ hơn 1.100m2 lên gần 2.500m2, còn khối tháp B từ gần 1.100m2 lên hơn 1.900m2.
Riêng tòa tháp CT6C, ông Thản cho xây thêm có 438 căn hộ. Khu nhà thấp tầng được quy hoạch 15 căn 3 tầng đã trở thành 38 căn 4 tầng xây đè lên phần đất xây dựng nhà trẻ, mẫu giáo. Còn phần diện tích từ tầng 2 đến tầng 4 vốn là khu dịch vụ, thương mại đã được chuyển thành căn hộ.
Từ tháng 5/2011, ông Lê Thanh Thản chỉ đạo quảng cáo, đưa thông tin gian dối về tính pháp lý của dự án. Các căn hộ được bán với giá rẻ hơn dự án khác nên sau thời gian ngắn, Công ty Bemes đã bán hết.
Kết quả, ông Lê Thanh Thản bán được 488 căn hộ, thu lời bất chính trên 480 tỷ đồng.
Đối với nhóm bị cáo là cựu cán bộ phường Kiến Hưng và Thanh tra xây dựng quận Hà Đông, Viện Kiểm sát cáo buộc họ đã không kiểm tra, ngăn chặn vi phạm tại dự án CT6 Kiến Hưng.
Hậu quả gây thiệt hại là đặc biệt nghiêm trọng cho 488 khách hàng mua căn hộ, với tổng số tiền hơn 480 tỷ đồng (bao gồm giá trị quyền sử dụng đất trên 56 tỷ đồng).