Nhiều tổ chức khoa học và công nghệ còn gặp khó khăn trong hoạt động, một vài đơn vị vi phạm pháp luật bị đình chỉ hoạt động, giải thể. Các tổ chức ngoài công lập chưa có nguồn tài chính bền vững và lâu dài; khó tiếp cận các đề tài, dự án từ nguồn ngân sách... Thời gian tới, cần đổi mới nội dung, phương thức hoạt động của các tổ chức khoa học và công nghệ.