Sau đó, Nguyễn Thị Thu Phương chỉ đạo Phương Anh rút tiền mặt, giao cho Nguyễn Thị Thanh Nhàn và các phó tổng giám đốc AIC chi tiền theo “cơ chế”, “ngoại giao” mà bà Nhàn chủ trương để đưa hối lộ cho nhiều cá nhân là lãnh đạo tỉnh, sở, ngành và chủ đầu tư ở thời điểm đó. Theo Bộ Công an, giai đoạn 2011-2020, tổng số tiền mà nhân viên của ban thư ký tài chính chuyển cho Phương Anh là 495,5 tỷ đồng.
Quá trình điều tra, Phương Anh khai sau khi nhận được tiền chuyển khoản, cô đều trực tiếp rút và đưa cho bà Nguyễn Thị Thanh Nhàn hoặc phó tổng giám đốc Trần Mạnh Hà. Số tiền mỗi lần nhận và rút ra từ 1 tỷ đồng đến 5 tỷ đồng.
Theo cáo buộc, bà Nhàn đã thành lập, điều hành, xây dựng bộ máy tổ chức Công ty AIC và các công ty thành viên; lãnh đạo các công ty do Nhàn thành lập; xây dựng quy trình, quy chế nội bộ, làm cơ sở để các cá nhân, đơn vị trong công ty phối hợp thực hiện các bước trong quy trình tham gia đấu thầu.
Để được trúng thầu, bà Nhàn còn lập các ban nội bộ do bà ta trực tiếp điều hành. Bị can giao những người thân tín phụ trách, thực hiện việc điều chuyển dòng tiền thu lợi bất chính, hợp thức hóa để chi ngoài sổ sách cho các lãnh đạo thuộc Tỉnh ủy, UBND tỉnh, chủ đầu tư theo cơ chế do Nhàn đặt ra.
Với cách thức luân chuyển dòng tiền trên, Bộ Công an cho rằng Chủ tịch AIC Nguyễn Thị Thanh Nhàn cùng thuộc cấp đã đưa hối lộ tổng số tiền 43,8 tỷ đồng cho các ông Trần Đình Thành (cựu Bí thư Tỉnh ủy Đồng Nai), Đinh Quốc Thái (cựu chủ tịch tỉnh) và Phan Huy Anh Vũ (cựu Giám đốc Bệnh viện Đa khoa Đồng Nai).