Theo hồ sơ vụ án, thửa đất trên có diện tích 1.183 m2, trước đây thuộc quy hoạch đất y tế. Ngày 25/5/2007, UBND tỉnh Phú Yên có quyết định phê duyệt, giao khu đất này cho Công ty CP Pymepharco (đã cổ phần hóa, Nhà nước giữ 51% vốn điều lệ) trong 70 năm, mức thu tiền sử dụng đất hơn 3,57 tỷ đồng.
Đến năm 2012, Công ty CP Pymepharco không đưa đất vào sử dụng. Do đó, Sở Kế hoạch và Đầu tư Phú Yên có văn bản kiến nghị UBND tỉnh này chấm dứt hiệu lực dự án để có cơ sở thu hồi đất theo quy định. Thế nhưng, UBND tỉnh Phú Yên không chỉ đạo thực hiện thu hồi đất dự án theo quy định của Luật Đất đai.
Việc làm trên là trái với quy định của pháp luật tại khoản 12 Điều 38 Luật Đất đai 2003, khoản 2, Điều 55 Luật Đầu tư 2005 và khoản 3, Điều 2, Quyết định số 1714/QĐ-UBND ngày 18/9/2007 của UBND tỉnh Phú Yên, gây thất thoát tài sản Nhà nước với số tiền hơn 10 tỷ đồng.
Ngay sau khi tống đạt quyết định khởi tố vụ án và khởi tố bị can, cơ quan Cảnh sát điều tra - Công an tỉnh Phú Yên đã khám xét nơi ở của nguyên Giám đốc Sở Tài chính tỉnh Phú Yên Đỗ Duy Vinh.