Trường chuyên thuộc tỉnh do Sở Giáo dục và Đào tạo quản lý.
Trường chuyên thuộc cơ sở giáo dục đại học do cơ sở giáo dục đại học quản lý về công tác tổ chức, đội ngũ giáo viên, cơ sở vật chất, tài chính và tuyển sinh; chịu sự quản lý của Sở Giáo dục và Đào tạo nơi trường đặt trụ sở về thực hiện chương trình, kế hoạch giáo dục, tổ chức thi tốt nghiệp, cấp bằng tốt nghiệp.
Theo dự thảo, trường chuyên được ưu tiên: Bố trí cán bộ quản lý, giáo viên, nhân viên bảo đảm đủ định mức, đạt tiêu chuẩn quy định; đầu tư xây dựng cơ sở vật chất, thiết bị dạy học đồng bộ, hiện đại; được liên kết, hợp tác với các cơ sở giáo dục, cơ sở nghiên cứu khoa học có chất lượng cao theo quy định; bố trí kinh phí chi thường xuyên để bảo đảm cho các hoạt động giáo dục; mời chuyên gia trong nước và chuyên gia nước ngoài thỉnh giảng theo quy định, bồi dưỡng chuyên môn, hướng dẫn nghiên cứu khoa học cho cán bộ quản lý, giáo viên và học sinh.
Trường chuyên thuộc cơ sở giáo dục đại học được tạo điều kiện sử dụng cơ sở vật chất, phòng thí nghiệm, thực hành và mời giảng viên thuộc các phòng, khoa của cơ sở giáo dục đại học thực hiện giảng dạy, bồi dưỡng học sinh chuyên.
Hội đồng nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương quyết định các chế độ chi ngân sách đầu tư cho trường chuyên thuộc tỉnh về cơ sở vật chất, chế độ ưu đãi đối với cán bộ quản lý, giáo viên, nhân viên, học sinh và tạo điều kiện cho cán bộ quản lý, giáo viên dạy môn chuyên được đi đào tạo, bồi dưỡng chuyên môn nghiệp vụ ở trong nước, nước ngoài.
Cơ sở giáo dục đại học quyết định chính sách ưu tiên đầu tư đối với trường chuyên thuộc cơ sở giáo dục đại học.
Bộ Giáo dục và Đào tạo đang lấy ý kiến góp ý của nhân dân với dự thảo này tại Cổng Thông tin điện tử của Bộ.