Trước đó, tại kỳ thi tốt nghiệp THPT đợt 1, ngày thi thứ 2, thí sinh N.K.Đ (học sinh Trường THPT Lương Văn Can) đến cổng điểm thi Trường THPT Chuyên Hà Nội Amsterdam Hà Nội bị muộn giờ, không được vào thi. Khi được bảo vệ thông báo, thí sinh đến điểm thi quá giờ, không thể vào dự thi, em này đã suy sụp, bật khóc nức nở trước cổng trường. Sau đó, người nhà thí sinh và những người xung quanh cho rằng, thí sinh này đến đúng giờ nhưng điểm thi khoá cổng, không tạo điều kiện cho thí sinh vào thi.
Tuy nhiên, sau đó, Trường THPT Chuyên Hà Nội Amsterdam đã trích xuất lại camera xác định, thời điểm nam thí sinh đến cổng điểm thi là 7 giờ 52 phút (trong khi thời gian phát đề là 7 giờ 30 phút; thời gian làm bài là 7 giờ 35 phút) do đó không được vào dự bài thi tổ hợp sáng 8/7, Kỳ thi tốt nghiệp THPT 2021. Việc không cho thí sinh đi muộn quá 15 phút, kể từ khi có hiệu lệnh tính thời gian làm bài là đúng quy chế.
Sau có, có nhiều ý kiến cho rằng, năm nay, Bộ GD&ĐT tổ chức 2 đợt thi, việc tạo điều kiện cho các thí sinh vì lý do nào đó không may, chưa thể hoàn thành kỳ thi đợt 1 có thể dự thi đợt 2 cũng nhằm đảm bảo tính nhân văn, đặt quyền lợi thí sinh lên trên hết.