Sau khi hoàn thành thủ tục, Ủy ban nhân dân tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu thống nhất với Bộ GTVT đề xuất Thủ tướng Chính phủ xem xét, chính thức giao Ủy ban nhân dân tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu là cơ quan có thẩm quyền để triển khai thực hiện dự án theo đúng quy định của pháp luật.
Bộ Giao thông vận tải có trách nhiệm đôn đốc, hướng dẫn kiểm tra giám sát trong quá trình triển khai thực hiện đảm bảo các yêu cầu, quy chuẩn, kỹ thuật.
Trước đó vào cuối năm 2022, Cục Hàng không Việt Nam báo cáo Bộ GTVT hai phương án đầu tư sân bay Côn Đảo, gồm: Phương án một theo Luật Đầu tư, Luật Đầu tư công; Phương án hai theo Luật Đầu tư PPP.
Nếu triển khai đầu tư Cảng hàng không Côn Đảo theo phương án một, Cục Hàng không Việt Nam sẽ làm chủ đầu tư dự án, đảm bảo quyền của doanh nghiệp cảng, doanh nghiệp Nhà nước tại cảng hàng không, sân bay; đảm bảo sự ổn định trong phối hợp khai thác, đảm bảo ổn định vai trò quốc phòng an ninh của cảng hàng không, sân bay khai thác dùng chung….
Tuy nhiên, khó khăn của phương án này là hiện tại Tổng công ty Cảng hàng không Việt Nam (ACV) chưa cân đối được kinh phí đầu tư giai đoạn 2021-2025 để triển khai đầu tư các hạng mục Dự án thành phần ba theo đúng Quy hoạch Cảng Hàng không Côn Đảo đã được phê duyệt.
Nếu thực hiện theo phương án hai để huy động nguồn vốn xã hội đầu tư (trừ hình thức BOO để đảm bảo nguyên tắc nhà nước có quyền định đoạt đối với kết cấu hạ tầng quan trọng của quốc gia) thì UBND tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu là cơ quan có thẩm quyền dự án PPP Cảng Hàng không Côn Đảo.