Tháng 3/1982, tại Đại hội toàn quốc lần thứ V của Đảng, đồng chí Nguyễn Khánh được bầu là Ủy viên dự khuyết Trung ương Đảng, sau đó được cử làm Chánh Văn phòng Trung ương Đảng.
Tháng 12/1986, tại Đại hội toàn quốc lần thứ VI của Đảng, đồng chí Nguyễn Khánh được bầu là Ủy viên chính thức Ban Chấp hành Trung ương Đảng và được Ban Chấp hành Trung ương bầu vào Ban Bí thư.
Tháng 2/1987, đồng chí là Phó Chủ tịch kiêm Tổng thư ký Hội đồng Bộ trưởng.
Năm 1991, tại Đại hội toàn quốc lần thứ VII của Đảng, đồng chí được bầu là Ủy viên Trung ương Đảng.
Đồng chí Nguyễn Khánh là đại biểu Quốc hội khóa VIII, IX, X.
Đến tháng 10/1992, tại Kỳ họp thứ nhất Quốc hội khóa IX, đồng chí Nguyễn Khánh được bầu là Phó Thủ tướng Chính phủ.