Tổ thư ký của Hội đồng tư vấn do ông Triệu Thành Sơn - Trưởng phòng Quản lý khoa học, Viện Nghiên cứu phát triển TPHCM - làm tổ trưởng.
Hội đồng tư vấn và tổ Thư ký có nhiệm vụ tổ chức họp hoặc tổ chức hội thảo khoa học để trao đổi, đề xuất với UBND, Chủ tịch UBND TPHCM những nội dung ưu tiên, quy định chi tiết thi hành Nghị quyết 98 ; các giải pháp, đề án và những vấn đề quan trọng liên quan đến việc triển khai thực hiện các cơ chế, chính sách đặc thù được quy định tại nghị quyết này.
Đồng thời, tư vấn cho UBND TPHCM, Chủ tịch UBND TPHCM ban hành các kế hoạch trong từng thời kỳ, các biện pháp chỉ đạo điều hành để thực hiện có hiệu quả Nghị quyết 98; tư vấn nội dung chương trình giám sát định kỳ hàng quý, giám sát chuyên đề hoặc đột xuất khi được Chủ tịch UBND thành phố yêu cầu.
Hội đồng tư vấn và tổ Thư ký được chủ động làm việc với các sở, ban ngành, viện nghiên cứu, trường đại học trên địa bàn thành phố và được đề nghị cung cấp các văn bản, tài liệu, thông tin, số liệu liên quan.
Hai cơ quan này cũng được tham vấn ý kiến của các chuyên gia, nhà khoa học trong nước và quốc tế, trí thức người Việt Nam ở nước ngoài, cán bộ quản lý đang làm việc hoặc đã nghỉ hưu và am hiểu sâu về các lĩnh vực liên quan đến Nghị quyết 98.
Trước đó, Chủ tịch UBND TPHCM Phan Văn Mãi cho biết ngoài việc hoàn thiện chỉ đạo thành lập Hội đồng tư vấn gồm các chuyên gia để giúp triển khai các nội dung của nghị quyết, UBND thành phố cũng sẽ mời các tư vấn giúp quản lý việc triển khai thực hiện nghị quyết quan trọng này.