Năm 2005 ông giữ chức vụ trưởng phòng thí nghiệm phân tích trung tâm, Trường ĐH Khoa học tự nhiên (ĐH Quốc gia TP.HCM) đến nay.
Từ năm 2007 ông làm trưởng khoa hóa học Trường ĐH Khoa học tự nhiên (ĐH Quốc gia TP.HCM).
Năm 2010, TS Trần Lê Quan được bổ nhiệm chức danh phó giáo sư.
Từ năm 2012 đến nay, PGS.TS Trần Lê Quan được bổ nhiệm làm phó hiệu trưởng Trường ĐH Khoa học tự nhiên (ĐH Quốc gia TP.HCM).
Ban giám hiệu Trường ĐH Khoa học tự nhiên (ĐH Quốc gia TP.HCM) hiện nay gồm: PGS.TS Trần Lê Quan - hiệu trưởng, GS.TS Nguyễn Thị Thanh Mai - phó hiệu trưởng và PGS.TS Trần Minh Triết - phó hiệu trưởng.
GS.TS Trần Linh Thước - hiệu trưởng Trường ĐH Khoa học tự nhiên (ĐH Quốc gia TP.HCM) - hết tuổi quản lý, kết thúc nhiệm kỳ công tác vào ngày 15-3.