Thậm chí khi phát hiện công ty thay đổi nguyên vật liệu sản xuất so với hồ sơ đăng ký lưu hành, Bộ Y tế không ra kết luận kiểm tra, không kiến nghị biện pháp xử lý.
Công ty Việt Á tiếp tục sử dụng giá hiệp thương với Bộ Y tế đã được Phan Quốc Việt nâng khống, tạo mặt bằng giá để bán cho các đơn vị, địa phương thu lời bất chính, gây thiệt hại đặc biệt nghiêm trọng tài sản nhà nước, tổ chức, cá nhân, kết luận nêu.
Tại các địa phương, để xảy ra sai phạm trong quá trình Việt Á tiêu thụ kit xét nghiệm, theo cơ quan điều tra, là do chưa kịp thời phân bố dự toán ngân sách thực hiện, trình độ chuyên môn của đội ngũ cán bộ về đấu thầu, mua sắm thiết bị còn hạn chế, nhất là trong các trường hợp thiên tai, dịch bệnh.
Từ những nguyên nhân phân tích trên, cơ quan điều tra đã kiến nghị Bộ KH-CN nghệ, Bộ Y tế cần nâng cao năng lực kiểm soát quyền lực của người đứng đầu, kiểm soát hoạt động của các cơ quan chuyên môn về quản lý nhiệm vụ khoa học và công nghệ, quản lý sinh phẩm y tế đảm bảo khách quan, minh bạch và đúng pháp luật.
Cùng với đó, Bộ KH-CN cần rà soát cơ cấu tổ chức và các văn bản pháp luật liên quan, chủ động hoặc báo cáo cấp có thẩm quyền điều chỉnh, sửa đổi theo hướng có cơ quan chuyên trách quản lý nhiệm vụ khoa học và công nghệ. Đồng thời, bộ này cũng cần tăng cường kiểm tra, giám sát, kịp thời phát hiện, xử lý các hành vi sai phạm trong thực hiện nhiệm vụ…
Trong khi đó, Bộ Y tế cần tăng cường kiểm tra, giám sát, kịp thời phát hiện, xử lý các hành vi sai phạm trong công tác cấp số đăng ký lưu hành sinh phẩm y tế; phối hợp với Bộ Tài chính và các cơ quan, đơn vị liên quan có biện pháp quản lý giá đối với các vật tư y tế, sinh phẩm xét nghiệm.
Ngoài ra, Bộ Công an cũng kiến nghị Bộ Kế hoạch và Đầu tư và các bộ, ngành liên quan chủ động hoặc báo cáo cấp có thẩm quyền hướng dẫn việc thực hiện chỉ định thầu rút gọn trong các trường hợp thiên tai, dịch bệnh, địch họa... đặc biệt là đối với các gói thầu có giá trị lớn, chưa được phân bổ dự toán ngân sách thực hiện.
Ngoài ra, UBND các tỉnh, TP cần chủ động kiểm tra, rà soát, chấn chỉnh hoạt động của các đơn vị, cơ sở y tế công lập trong hoạt động đấu thầu, mua sắm thiết bị, vật tư y tế. Cùng với đó là đào tạo, nâng cao trình độ chuyên môn nghiệp vụ mua sắm, đấu thầu cho cán bộ các đơn vị, cơ sở y tế, phòng ngừa các vi phạm, tội phạm. Bộ Tài chính xem xét xử lý hành chính đối với các công ty thẩm định giá có sai phạm (đình chỉ kinh doanh, thu hồi giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh dịch vụ thẩm định giá...).
Theo cơ quan điều tra, ngoài các bị can đã bị khởi tố và đề nghị truy tố, còn có một số cá nhân có hành vi vi phạm liên quan ở các mức độ khác nhau. Hành vi của một số người chưa cấu thành tội phạm hoặc chưa đủ căn cứ xem xét trách nhiệm hình sự. Căn cứ tính chất, mức độ hành vi của mỗi người, cơ quan điều tra đã có văn bản kiến nghị các cơ quan chủ quản xử lý nghiêm theo quy định của Đảng và chính quyền.