Đồng thời, Ban Chỉ đạo giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, phối hợp giữa các bộ, cơ quan ngang bộ và cơ quan, tổ chức liên quan trong việc tổng kết 20 năm thực hiện mô hình tổ chức bộ máy của Chính phủ.
Theo quyết định của Thủ tướng, Bộ Nội vụ là cơ quan thường trực của Ban Chỉ đạo, giúp Trưởng ban trong việc xây dựng kế hoạch, chương trình công tác của Ban Chỉ đạo; điều hòa, phối hợp, đôn đốc các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ rà soát, đánh giá, tổng kết việc thực hiện chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ từ nhiệm kỳ Chính phủ khóa XII đến khóa XV;
Đồng thời, Bộ Nội vụ cũng có nhiệm vụ tổng hợp, báo cáo các hoạt động chung của Ban Chỉ đạo và thực hiện một số nhiệm vụ khác do Trưởng ban giao.
Bộ trưởng Bộ Nội vụ quyết định thành lập Tổ giúp việc Ban Chỉ đạo. Thành viên Tổ giúp việc Ban Chỉ đạo là lãnh đạo một số đơn vị chức năng thuộc các Bộ: Nội vụ, Công an, Quốc phòng, Ngoại giao, Kế hoạch và Đầu tư, Tài chính, Tư pháp, Tài nguyên và Môi trường và Văn phòng Chính phủ.