Theo qui chế đã được công bố, thí sinh được đăng kí nhiều nguyện vọng vào Trường THPT Chuyên Hùng Vương. Trong đó nguyện vọng 1 (NV1), NV2 thí sinh đăng kí vào hai lớp chuyên ở hai môn chuyên khác nhau (nếu lịch thi hai môn chuyên không trùng nhau). Nguyện vọng 3 đăng kí dự tuyển vào lớp chất lượng cao. Bên cạnh đó, thí sinh có thể chỉ đăng kí vào lớp chất lượng cao mà không cần đăng kí vào các lớp chuyên.
Thống kê nguyện vọng đăng kí dự thi vào các lớp chuyên lần lượt là: Tiếng Pháp (265 nguyện vọng), Tiếng Anh (219 nguyện vọng), Tin học (148 nguyện vọng), Toán học (135 nguyện vọng), Ngữ văn (131 nguyện vọng), Địa lí (83 nguyện vọng), Vật lí (78 nguyện vọng), Hóa học (80 nguyện vọng), Sinh học (77 nguyện vọng) và Lịch sử (74 nguyện vọng); Lớp chất lượng cao (628 nguyện vọng).
Được biết, học sinh dự thi vào Trường THPT Chuyên Hùng Vương được sử dụng kết quả của các bài thi không chuyên để xét tuyển vào trường THPT công lập và Trường PTDTNT tỉnh Phú Thọ/Trường PTDTNT THCS&THPT huyện Yên Lập khi không trúng tuyển vào Trường THPT Chuyên Hùng Vương, nếu có nguyện vọng.