Ngày 21/1/2013, Sở Tài chính TP Hồ Chí Minh cùng Sở Tài nguyên - Môi trường, Sở Xây dựng TP Hồ Chí Minh có biên bản họp thẩm định giá. Ngày 1/2/2013, Sở Tài chính có tờ trình về việc thẩm định giá theo cơ chế thị trường để Công ty TNHH Tập đoàn Vạn Thịnh Phát thực hiện nghĩa vụ tài chính, khi chuyển hình thức sử dụng đất từ “thuê đất” sang “giao đất có thu tiền sử dụng đất” để làm văn phòng cho thuê và trụ sở văn phòng (đất chuyên dùng). Tổng giá trị quyền sử dụng đất là 204.281.789.000 đồng.
Ngày 17/4/2012, UBND TP Hồ Chí Minh có Quyết định về việc duyệt giá trị quyền sử dụng đất là 204.281.789.000 đồng. Đến ngày 17/4/2015, Công ty Cổ phần Tập đoàn Vạn Thịnh Phát đã nộp đủ số tiền trên.
Kết luận của Thanh tra Chính phủ khẳng định: "UBND TP Hồ Chí Minh không tính doanh thu bãi đỗ xe theo quy định, làm giảm giá trị quyền sử dụng đất. TP Hồ Chí Minh áp dụng suất đầu tư không đúng đối với công trình hạ tầng kỹ thuật có quy mô nhỏ hơn 20 ha, làm tăng chi phí đầu tư hạ tầng, dẫn tới làm giảm giá trị quyền sử dụng đất".
Đến thời điểm thanh tra, dự án đã đầu tư xây dựng hoàn thành và đưa vào sử dụng làm trụ sở của công ty, văn phòng cho thuê VTP Office Building.
Thanh tra Chính phủ khẳng định: "Vị trí nhà đất trên là tài sản công, việc giải quyết phải được hiện theo phương án sắp xếp, xử lý nhà đất thuộc sở hữu nhà nước đã được duyệt”.
Do đó, “Thanh tra Chính phủ đề nghị Bộ Tài chính kiểm tra, có biện pháp để xử lý theo pháp luật. Trong quá trình kiểm tra, nếu phát hiện dấu hiệu hình sự gây thất thoát tài sản nhà nước thì chuyển hồ sơ, tài liệu đến cơ quan có thẩm quyền để xử lý theo quy định của pháp luật, không để thất thoát tài sản của nhà nước”, Thanh tra Chính phủ đề nghị.
Việc Tập đoàn Vạn Thịnh Phát bị cơ quan thanh tra gọi tên như nêu trên không phải là lần đầu tiên, mà trước đó, doanh nghiệp này được dư luận quan tâm vì dính lùm xùm “bảo lãnh” tại một ngân hàng được cho là có mối quan hệ tín dụng thân thiết cho khoản chi vay dự án.
Đáng nói, Vạn Thịnh Phát và nữ đại gia Trương Mỹ Lan đã được nhắc đến nhiều và được cho là nhóm cổ đông chính của ngân hàng nêu trên.
Theo kết quả kiểm tra của Thanh tra Chính phủ phát hiện Vinafood 2 và Công ty Việt Hân Sài Gòn lợi dụng giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất tại địa chỉ số 33 Nguyễn Du, số 34-36-42 Chu Mạnh Trinh, phường Bến Nghé, quận 1, TP Hồ Chí Minh để lập dự án, rồi mang đi thế chấp ngân hàng để vay tiền ngân hàng trái luật.
Thanh tra Chính phủ đã kiến nghị Thủ tướng Chính phủ giao Ngân hàng Nhà nước Việt Nam chỉ đạo cơ quan Thanh tra, Giám sát ngân hàng thực hiện thanh tra toàn diện hoạt động cấp tín dụng trong giai đoạn từ năm 2013 đến nay và các khoản vay liên quan đến việc sử dụng Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất số BB971073 ngày 11/9/2010 của 4 cơ sở nhà, đất nói trên.
Đồng thời, xử lý nghiêm các vi phạm nêu tại kết luận này đối với tập thể, cá nhân có liên quan theo thẩm quyền…