Thứ trưởng Nguyễn Văn Phúc trải qua nhiều cương vị công tác: Nghiên cứu viên phòng Nghiên cứu phát triển thuộc Viện Kinh tế Thành phố Hồ Chí Minh; Phó Trưởng phòng Nghiên cứu phát triển thuộc Viện Kinh tế Thành phố Hồ Chí Minh; Phó Trưởng khoa Kinh tế thuộc Trường Đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh; Trưởng khoa Kinh tế thuộc Đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh; Phó Hiệu trưởng Trường Đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh; Bí thư Đảng ủy, Hiệu trưởng Trường Đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh.Ngày 22/9/2017, ông được Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm giữ chức Thứ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo.
Theo Quyết định 1062/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ Phạm Minh Chính, thời hạn bổ nhiệm lại Thứ trưởng Nguyễn Văn Phúc tính từ ngày 22/9/2022.