Mặc dù đã đạt một số kết quả tích cực như việc triển khai áp dụng truy xuất nguồn gốc mới tập trung áp dụng ở một số sản phẩm nông sản thực phẩm... nhưng vẫn còn nhiều địa phương gặp khó khăn, lúng túng trong quá trình xây dựng kế hoạch và tổ chức triển khai.