Trưởng ban làm phách phải đổi mật khẩu mặc định truy cập vào phần mềm. Sau khi thực hiện thành công việc gieo phách, trưởng ban đặt mật khẩu để khóa dữ liệu của việc gieo phách. Trưởng ban có thể giao cho một thành viên của ban sử dụng phần mềm để thực hiện việc in các hướng dẫn dồn túi chấm, biểu đối chiếu số phách-số báo danh.
Bước 2: Dồn túi. Mỗi túi chấm có số lượng bài thi ít nhất 20 bài và nhiều nhất là 40 bài. Trưởng ban làm phách giao các túi bài thi cho các thành viên của ban làm phách để dồn túi.
Các thành viên kiểm tra tình trạng niêm phong, cắt miệng các túi bài thi (chú ý không cắt rời hẳn miệng túi), kiểm đếm số bài, số tờ giấy thi và đối chiếu với số bài, số tờ ghi trên túi đựng bài thi. Nếu có bất thường phải báo cáo với trưởng ban và lập biên bản.
Bước 3: Đánh phách. Mỗi bài thi có 1 số phách tương ứng với số báo danh được ghi trong biểu đối chiếu phách-số báo danh. Người đánh phách viết số phách vào các ô quy định trên tất cả các tờ giấy thi của thí sinh.
Bước 4: Cắt phách và niêm phong túi chấm. Các bài thi đã được đánh phách phải được cắt đầu phách và đựng trong các túi được niêm phong (gọi là túi bài chấm thi). Trên túi bài chấm thi phải ghi đầy đủ thông tin: Môn thi/bài thi, túi số (mã túi), số bài thi, số tờ giấy thi.
Đầu phách được bó lại theo từng túi phách ghi rõ số bài, số tờ đầu phách và được đóng gói, niêm phong; ngoài bì ghi rõ đầu phách của các túi bài thi tương ứng.
Ban làm phách tổ chức xuất dữ liệu phục vụ việc nhập điểm từ phần mềm ra 2 đĩa CD/DVD (gọi chung là đĩa CD) và niêm phong rồi bàn giao 1 đĩa CD để hội đồng thi thực hiện nhập điểm bài thi tự luận, lưu tại ban làm phách đĩa CD còn lại.
Việc xuất dữ liệu và niêm phong các đĩa CD phải được thực hiện dưới sự chứng kiến của lãnh đạo ban làm phách và phải lập biên bản ghi nhận.
Với quy trình làm phách 2 vòng: Để làm phách 2 vòng, ban làm phách được chia làm 2 tổ phách: Tổ phách 1 và tổ phách 2.
Vòng 1: Các bước thực hiện như làm phách 1 vòng.
Vòng 2: Chỉ thực hiện sau khi kết thúc vòng 1 theo các bước: Bước 1: Gieo phách
Tổ trưởng tổ phách 2 thực hiện việc gieo phách, in biểu hoán vị túi trên phần mềm hỗ trợ chấm thi. Tổ trưởng tổ phách 2 phải trực tiếp bảo vệ mật khẩu truy cập phần mềm và mật khẩu khóa dữ liệu của việc gieo phách.
Bước 2: Mã hóa lại túi chấm. Căn cứ vào biểu hoán vị túi để chuyển toàn bộ bài thi từ túi gốc (túi chấm đã đánh phách vòng 1) sang túi mới (túi hoán vị). Trên túi mới ghi rõ thông tin: Môn thi/bài thi, túi số (mã túi mới), số bài thi, số tờ giấy thi.
Bước 3: Giao túi chấm để đánh phách vòng 2. Tổ trưởng tổ phách 2 giao các túi chấm (đã hoán vị) cho người trực tiếp đánh phách theo hình thức bốc thăm.
Bước 4: Đánh số phách. Số phách vòng 2 chính là số túi (hoán vị), người trực tiếp đánh phách ghi số này làm tiền tố cho số phách 1 ở tất cả các tờ giấy thi trong túi.
Bài thi trong túi phải được kiểm đếm để đối chiếu với số bài thi, số tờ giấy thi ghi trên túi chấm.
Túi chấm đã làm phách vòng 2 xong phải được dán kín và niêm phong theo quy định. Tổ trưởng tổ phách 2 tổ chức xuất dữ liệu phục vụ việc nhập điểm ra 2 đĩa CD và niêm phong; bàn giao 1 đĩa CD chứa dữ liệu nhập điểm để hội đồng thi nhập điểm bài thi tự luận; lưu trữ đĩa CD còn lại theo tài liệu của tổ làm phách 2.
Chủ tịch hội đồng thi quyết định việc bàn giao các túi bài thi đã làm phách giữa ban làm phách bài thi tự luận và ban chấm thi tự luận (qua ban thư ký hội đồng thi) theo một trong hai cách: Cách 1: Bàn giao một lần, cách 2: Bàn giao nhiều lần theo tiến độ chấm thi của ban chấm thi.