Tuy nhiên, số tiền 22 tỉ đồng thiệt hại trong vụ án thì cơ quan tố tụng đã tính cả phần tiền lãi vào trong thiệt hại (khoảng 10 tỉ). Do đó, việc xác định số tiền thiệt hại là 22 tỉ đồng là chưa chính xác.
VKS: Công ty Huy Hoàng không đủ khả năng tài chính
Đối đáp lại những lập luận trên, đại diện VKSND TP.HCM cho biết đối với dự án 1, cơ quan công tố không quy kết các bị cáo làm sai quy trình cấp kinh phí cho Công ty Huy Hoàng mà quy cáo buộc các bị cáo làm sai tại giai đoạn 2 của dự án này.
Cụ thể là sai về đánh giá, thẩm định để cấp tiếp kinh phí, sau khi giải ngân 3,5 tỉ đồng cho Công ty Huy Hoàng. Theo hợp đồng ký kết giữa Sở KH&CN với Công ty Huy Hoàng thì trước mỗi đợt cấp kinh phí phải xem xét khối lượng công việc...
Giai đoạn 1 có sáu nội dung mà Công ty Huy Hoàng mới chỉ thực hiện được 1 nội dung và không đủ điều kiện để cấp tiếp kinh phí nhưng các bị cáo vẫn phê duyệt để cấp tiếp.
Cạnh đó, theo quy định thì Quỹ Phát triển khoa học chi tiền để phục vụ công tác nghiên cứu khoa học nhưng Công ty Huy Hoàng sử dụng tiền để mua máy tính, thiết bị phục vụ công tác quản lý riêng của Công ty Huy Hoàng như vậy là sai mục đích.
Đối với đội ngũ nhân sự của Công ty Huy Hoàng, kết quả xác minh thể hiện những nhân sự của Công ty Huy Hoàng có trình độ, tiêu chuẩn không đảm bảo để thực hiện dự án.
Đối với dự án 2, Công ty Huy Hoàng hoàn toàn không đủ khả năng tài chính vì sáu phiếu thu góp vốn đều là chứng từ khống và thư hứa cấp tín dụng của ngân hàng không có giá trị để chứng minh tài chính của doanh nghiệp.
Về văn bản của Bộ KH&CN thì Bộ chỉ phê duyệt chủ trương và chỉ đạo UBND TP.HCM tổ chức thực hiện còn việc cho vay cụ thể thì các bị cáo phải tuân thủ theo quy định, quy chế quản lý quỹ.
Đối với 14 giấy chứng nhận đăng ký quyền bản quyền thì VKS cho rằng đã kiểm tra và xác định nội dung đăng ký quyền bảo hộ này không phải sản phẩm của cả hai dự án.