Đặc biệt, kết quả kinh doanh năm 2020 của Phúc Sơn vô cùng tệ khi doanh thu tiếp tục giảm còn 61 tỷ đồng, lợi nhuận lần đầu ghi nhận lỗ 17 tỷ đồng.
Tuy là doanh nghiệp có danh tiếng nhưng Phúc Sơn của Hậu "Pháo" cũng dính vào những lùm xùm, để lại nhiều điều tiếng tiêu cực.
Trong các dự án của Tập đoàn Phúc Sơn đầu tư có 3 dự án BT tại sân bay Nha Trang. Các dự án này nhiều năm liền chậm tiến độ, không thể đưa vào khai thác cuối năm 2017 như doanh nghiệp đã cam kết.
Theo hồ sơ, Tập đoàn Phúc Sơn là nhà đầu tư được tỉnh Khánh Hòa giao thực hiện các dự án các tuyến đường, các nút giao kết nối sân bay Nha Trang; dự án đường vành đai kết nối nút giao Ngọc Hội và dự án Nút giao thông Ngọc Hội theo hình thức hợp đồng BT.
Nguồn vốn để thanh toán cho các dự án BT là các quỹ đất thuộc Khu trung tâm đô thị, thương mại, dịch vụ, tài chính, du lịch Nha Trang.
Tính đến tháng 8/2022, tổng tiến độ 3 dự án BT của Tập đoàn Phúc Sơn đạt khoảng 38%, tổng chi phí đầu tư là 1.284 tỉ đồng. Việc chậm tiến độ các dự án BT của Tập đoàn Phúc Sơn gây nhiều bức xúc cho dư luận.
Cũng liên quan đến hoạt động ở Khánh Hòa, Tập đoàn Phúc Sơn bị địa phương này truy thu số tiền gần 12.000 tỉ đồng tại dự án Khu trung tâm đô thị thương mại, dịch vụ, tài chính, du lịch Nha Trang.
Cụ thể vào tháng 8/2022, UBND tỉnh Khánh Hòa có văn bản gửi Tập đoàn Phúc Sơn về việc thực hiện nghĩa vụ tài chính tại dự án nói trên với số tiền 11.994 tỉ đồng.
Số tiền này được dựa trên số liệu kết luận của Ủy ban Kiểm tra Trung ương tại Thông báo số 680 năm 2019 và văn bản mới đây của UBND tỉnh Khánh Hòa.
Ngay sau khi nhận được thông báo của UBND tỉnh Khánh Hòa đề nghị nộp tiền kể trên, ngày 8/8/2022 Tổng giám đốc Công ty cổ phần Tập đoàn Phúc Sơn Nguyễn Văn Hậu đã có văn bản trả lời "đối với số tiền phải nộp là 11.994,92 tỉ đồng theo yêu cầu của UBND tỉnh và Cục Thuế tỉnh Khánh Hòa, nhà đầu tư nhận thấy là chưa có đủ căn cứ pháp lý để tính toán, xác định, đảm bảo theo nguyên tắc ngang bằng giá trong việc thực hiện đầu tư xây dựng các dự án theo hình thức BT (việc phê duyệt giá đất tại khu vực sân bay Nha Trang và thủ tục thanh toán các dự án BT chưa được thực hiện)".
Hiện nay, các sai phạm liên quan đến các dự án, đất đai tại sân bay Nha Trang "có dấu hiệu tội phạm" đã được Công an tỉnh Khánh Hòa chuyển hồ sơ cho Cơ quan điều tra thuộc Bộ Quốc phòng xem xét, xử lý theo thẩm quyền.
Vì vậy, đối với số tiền mà tỉnh đã thông báo nhưng Công ty cổ phần Tập đoàn Phúc Sơn chưa chấp nhận nộp vào ngân sách nhà nước (11.994,92 tỉ đồng), theo lãnh đạo cơ quan chức năng của tỉnh Khánh Hòa, phải chờ kết quả xử lý của Cơ quan điều tra thuộc Bộ Quốc phòng hoặc phán quyết của tòa án để buộc doanh nghiệp phải chấp hành thực hiện.
Mới đây nhất, ngày 26/2/2024, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã khởi tố vụ án "Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng" xảy ra tại Công ty Cổ phần Tập đoàn Phúc Sơn, Công ty Cổ phần Đầu tư Thương mại và Bất động sản Thăng Long và các đơn vị liên quan.
Cơ quan Cảnh sát điều tra cũng ra các quyết định khởi tố bị can, bắt tạm giam đối với Nguyễn Văn Hậu - Chủ tịch HĐQT Công ty CP Tập đoàn Phúc Sơn; Nguyễn Thị Hằng (Phó Tổng giám đốc Công ty CP Tập đoàn Phúc Sơn); Đỗ Thị Mai (kế toán trưởng Công ty CP Tập đoàn Phúc Sơn); Hoàng Thị Tuyết Hạnh (kế toán, Công ty CP Tập đoàn Phúc Sơn); Trần Hữu Định (Giám đốc Công ty cổ phần Đầu tư Nam Á Group); Nguyễn Hồng Sơn (lao động tự do).
Các bị can trên bị khởi tố vì có các hành vi giả mạo, khai man, để ngoài sổ sách kế toán doanh thu, tài sản liên quan...gây thiệt hại đặc biệt nghiêm trọng cho Nhà nước.