Tuy quân của Lưu Vĩnh Phúc chém được Francis Garnier, nhưng tình thế buộc triều đình phải nhân nhượng. Nguyễn Văn Tường ra Bắc Kỳ thu hồi xong bốn tỉnh, lại phải vào Gia Định tiếp tục bàn định các điều khoản, cuối cùng phải chấp nhận Hòa ước Giáp Tuất (1874).
Năm 1874, ông giữ chức Thượng thư Bộ Hình kiêm Thương bạc đại thần, sau đó được sung vào Viện cơ mật.
Năm 1883, vua Tự Đức băng hà, trong tình hình Bắc Kỳ đang bị thực dân Pháp xâm lược lần thứ hai. Khi cửa ngõ của kinh đô thất thủ, Tôn Thất Thuyết và Nguyễn Văn Tường lần lượt lập rồi phế bỏ 2 vua Dục Đức, Hiệp Hòa nhằm đưa lên ngai một vị vua yêu nước, quyết chiến với Pháp.
Bấy giờ, quân Thanh đã sang đất Bắc Kỳ để phối hợp đánh Pháp. Tuy nhiên, thực tế nhà Thanh lại mưu mô quy phục Lưu Vĩnh Phúc nhằm cùng Pháp chia đôi Bắc Kỳ. Nguyễn Văn Tường và Tôn Thất Thuyết thực hiện kế sách “tọa sơn quan song hổ đấu”, thúc đẩy chiến tranh giữa Pháp và Hoa.
Nhưng nhà Thanh lại ký Hòa ước Thiên Tân với Pháp, triều đình Huế bị cô lập. Trong tình thế ấy, hai vị phụ chính đại thần vẫn tiếp tục thúc đẩy chiến tranh Pháp - Hoa, nhằm tranh thủ thời gian xây dựng cơ sở phong trào Cần Vương. Một loạt sơn phòng được củng cố xây dựng, gồm cả “hậu lộ kinh đô” - Tân Sở (Cam Lộ, Quảng Trị).
“Kẻ thù nguy hiểm nhất” đối với Pháp
Ngày 5/7/1885 kinh đô Huế thất thủ, Nguyễn Văn Tường và Tôn Thất Thuyết đưa vua Hàm Nghi và Tam Cung ra Quảng Trị. |
Ngày 12/6 âm lịch năm 1884, Nguyễn Văn Tường và Tôn Thất Thuyết cùng Tôn nhân phủ, đình thần lập vua Hàm Nghi lên ngôi.
Chính phủ Pháp quyết xâm lược toàn bộ Đại Nam. De Courcy được cử sang hoàn tất việc chiếm trọn Bắc Kỳ và tấn công chiếm cứ kinh đô Huế. De Courcy nói “cần phải giải quyết việc này ở Huế”, và vạch kế hoạch bắt sống hoặc tiêu diệt nhóm chủ chiến.
Cuộc kinh đô quật khởi và bị thất thủ ngày 5/7/1885. Nguyễn Văn Tường cho người rước vua Hàm Nghi và Tam cung (thái hoàng thái hậu Từ Dũ, Trung phi Vũ thị, Học phi Nguyễn thị) ra khỏi kinh thành. Trong khi đó, Tôn Thất Thuyết và Trần Xuân Soạn cố kìm giữ sự tấn công của Pháp.
Theo dự kiến mà nhóm chủ chiến vạch ra trong trường hợp kinh đô thất thủ, Nguyễn Văn Tường và Tôn Thất Thuyết liền đưa vua ra thành Quảng Trị. Sau đó sẽ đưa lên Tân Sở (Cam Lộ) để tránh đạn Pháp, đồng thời phát Dụ Cần vương.
Trong lúc đó, một mặt được lệnh của bà Từ Dũ và vua Hàm Nghi, mặt khác là thực hiện phương án 2, ngăn cản Pháp truy kích xa giá, thực thi kế sách “kẻ ở người đi” (đàm và đánh), nên Nguyễn Văn Tường đã quay lại điều đình với Pháp.
Ông nhờ Giám mục Caspar (tên tiếng Việt là Lộc) của giáo đường Kim Long kết nối gặp tướng De Courcy. De Courcy buộc Nguyễn Văn Tường ban bố một vài lệnh “hòa hảo giữa hai nước Việt - Pháp”, và ra thời hạn cho Nguyễn Văn Tường trong vòng 2 tháng đưa vua Hàm Nghi và Tam cung về.
Nguyễn Văn Tường phái Phạm Hữu Dụng cầm sớ ra Quảng Trị, tâu xin rước vua nhưng Tôn Thất Thuyết cản sớ không cho vua biết. Việc Tôn Thất Thuyết cản dâng sớ lên vua Hàm Nghi, có thể là một khía cạnh mâu thuẫn trong sách lược mà hai vị phụ chính đã bàn. Tuy nhiên, có thể là một “động tác giả” để thực hiện kế “hai mặt” nhằm đối phó với Pháp.
Trong hai tháng 6 – 7/1885, Nguyễn Văn Tường hoàn toàn bị Pháp quản thúc ngay tại Sở Thương bạc, do một trung đội lính viễn chinh thuộc Pháp canh giữ.
Trong khi đó, phong trào Cần vương đã bùng nổ ra khắp nước, đặc biệt là ở các tỉnh tả kỳ (phía trái cửa ngõ vào kinh đô, tức là phía Nam). Nhiều nhà nghiên cứu cho rằng, chính Nguyễn Văn Tường đã lãnh nhiệm vụ chỉ đạo tổng quát ở miền đất ấy, trong khi Tôn Thất Thuyết phụ trách các tỉnh hữu kỳ (phía Bắc).
Hết hạn 2 tháng, ngày 5/9/1885 Pháp ra lệnh bắt Nguyễn Văn Tường. Quốc sử quán ghi: Pháp đổ một loại hóa chất gây cháy bỏng vào miệng Nguyễn Văn Tường khi tra tấn. Đồng thời, xác định Nguyễn Văn Tường là “kẻ thù nguy hiểm nhất” đối với Pháp.
Khi ông bị giam giữ tại Côn Đảo, chính phủ Pháp lại chuẩn bị lưu đày tới tận Tahiti. Nguyễn Văn Tường mất ngày 30/7/1886, tại Papeete - một làng trên quần đảo thuộc địa Tahiti của Pháp.
Sau một vài tháng quàn giữ, di thể ông được Tôn Thất Đính đưa về Đại Nam và an táng tại quê nhà đầu năm 1887. Năm 2003, dòng họ Nguyễn Văn đã xây dựng đền thờ cạnh đình làng An Cư làm nơi tưởng niệm, trưng bày tranh ảnh và những công trình nghiên cứu liên quan đến ông.
Năm 2007, Hội Khoa học lịch sử Việt Nam phối hợp với Huế và chính quyền địa phương xây dựng nhà bia, ghi công lao của Kỳ vỹ Quận công – phụ chính đại thần Nguyễn Văn Tường đối với nhà Nguyễn và đất nước. Năm 2017, đền thờ và lăng mộ Nguyễn Văn Tường được Quảng Trị công nhận là di tích cấp tỉnh.