Ban đầu, Văn miếu Trấn Biên thờ Khổng Tử - người sáng lập Nho giáo. Vì thế, ngoài ý nghĩa mang tính chính trị, ngay từ buổi đầu Văn miếu Trấn Biên là nơi tôn vinh những giá trị của nền giáo dục Nho học.

Các tư liệu lịch sử thời Nguyễn cho biết, trước năm 1802, hằng năm đích thân chúa Nguyễn Phúc Ánh đến Văn miếu Trấn Biên để hành lễ hai lần vào mùa xuân và mùa thu. Nhưng từ khi chúa Nguyễn lên ngôi ở Huế, thì quan Tổng trấn thành Gia Định, thay mặt vua cùng với Trấn quan Biên Hòa và quan Đốc học đến hành lễ. Lệ đặt mỗi kỳ là 50 lễ sinh và 50 miếu phu.

Bên cạnh Văn miếu Trấn Biên thuở xưa chính là Tỉnh học (trường học tỉnh Biên Hòa). Đến đời vua Minh Mạng, trường học này mới di dời về thôn Tân Lân (phường Hòa Bình, TP Biên Hòa). Với địa thế như vậy, Văn miếu Trấn Biên đóng vai trò là trung tâm văn hóa - giáo dục của tỉnh Biên Hòa xưa.

Vì thế khi đáo nhậm nhiệm vụ vào năm 1840, quan Bố chính Biên Hòa Ngô Văn Địch đã hết lời ca ngợi Văn miếu Trấn Biên qua đôi liễn: “Giang hán dĩ trạc, thu dương dĩ bộc, hạo hồ bất khả thượng/ Tôn miếu chi mỹ, bá quan chi phú, du giả vi ngôn”.

Kết nối dòng mạch văn hóa Việt

Từ khi được phục dựng, Văn miếu Trấn Biên không chỉ là nơi bảo tồn, gìn giữ và tôn vinh các giá trị văn hóa - giáo dục xưa và nay của vùng đất Đồng Nai và Nam Bộ. Tại đây còn thường xuyên tổ chức lễ viếng các bậc tiền nhân, lễ báo công, tuyên dương tài năng trên các lĩnh vực giáo dục, các hoạt động mang tính văn hóa dân gian… thu hút đông đảo người dân và khách tham quan.

Mang ý nghĩa quan trọng nên năm 1861, ngay sau khi thực dân Pháp chiếm được tỉnh Biên Hòa đã thực hiện đốt phá Văn miếu Trấn Biên nhằm dập tắt tinh thần yêu nước của người dân Nam Bộ.

Khi đó, người dân địa phương đã cất giấu đôi liễn khắc câu đối của quan Bố chính Ngô Văn Địch và đưa về cất tại dinh Hiệp Hưng, huyện Tân Uyên (nay thuộc tỉnh Bình Dương).

Tưởng một nền di sản bị phá nát sẽ mãi rơi vào quên lãng, nhưng năm 1998 – nhân kỉ niệm 300 năm thành lập và phát triển vùng đất Biên Hòa – Đồng Nai, Văn miếu Trấn Biên được phục dựng trên nền đất cũ.

Văn miếu Trấn Biên được phục dựng theo kiến trúc mà các tư liệu như: “Đại Nam nhất thống chí”, “Gia Định thành thông chí”... đã chép. Các hạng mục công trình được xây đối xứng theo một trục thần đạo, từ ngoài vào là Văn Miếu môn, nhà bia, Khuê Văn Các, hồ Tịnh Quang, Đại Thành môn, tượng Khổng Tử, sân hành lễ, Nhà thờ chính. Hai bên có tả vu, hữu vu, nhà Đề danh, nhà truyền thống, Thư khố - Văn vật khố.

Nổi bật giữa vùng không gian thoáng đãng, nhiều cây xanh, là những vòm mái cong, lợp ngói lưu ly màu xanh ngọc - gốm tráng men. Lời khẳng định của danh sĩ Thân Nhân Trung “Hiền tài là nguyên khí quốc gia” cũng được khắc trên tấm bia lớn, tái khẳng định sự quan trọng của việc đào tạo, rèn giũa nhân tài làm rường cột đất nước.

Trên các cột cũng treo những hàng câu đối, như: Nguyễn Hữu Cảnh định nghiệp Trấn Biên/ Lớp lớp anh tài giang lục tỉnh/ Võ Trường Toản mở trường Gia Định/ Đời đời sĩ khí nối tam gia.

Văn miếu Trấn Biên thường xuyên diễn ra các hoạt động giáo dục.

Khu thờ phụng gồm nhà Bái đường xây dựng theo lối kiến trúc lối cổ. Bên trái thờ các danh nhân văn hóa tiêu biểu của Việt Nam gồm: Chu Văn An, Nguyễn Trãi, Nguyễn Bỉnh Khiêm, Lê Quý Đôn, Nguyễn Du. Bên phải thờ danh nhân gắn liền với vùng đất Biên Hòa - Đồng Nai và Nam Bộ xưa: Võ Trường Toản, Đặng Đức Thuật, Gia Định tam gia (Trịnh Hoài Đức, Lê Quang Định, Ngô Nhơn Tịnh), Nguyễn Đình Chiểu, Bùi Hữu Nghĩa.

Giới nghiên cứu cho rằng, Văn miếu Trấn Biên đã kết tinh và lan tỏa các giá trị văn hóa phương Nam. Đồng thời có tính kế thừa từ Văn miếu - Quốc Tử Giám Hà Nội – nối liền dòng mạch văn hóa Đại Việt. Trong Bái đường văn miếu trưng bày 18kg đất và 18kg nước lấy từ vùng đất Tổ Phú Thọ - tượng trưng cho 18 đời vua Hùng, trống hội Thăng Long và các hiện vật tượng trưng cho ý nghĩa văn hóa Việt Nam.