Theo Cơ quan Cảnh sát điều tra, Nguyễn Cao Trí đã tự ý lập, hoàn thiện hồ sơ thanh lý hợp đồng chuyển nhượng, thanh lý hợp đồng ủy thác đầu tư trị giá 1.000 tỷ đồng, không trao đổi với bà Lan nhằm xóa bỏ quyền sở hữu đối với 10% vốn điều lệ Công ty Văn Lang, để chiếm đoạt số tiền 1.000 tỷ đồng đã nhận của Trương Mỹ Lan.
Quá trình làm việc với Cơ quan Cảnh sát điều tra - Bộ Công an từ ngày 26/12/2022 - 15/1/2023, Nguyễn Cao Trí không thừa nhận đã nhận tiền của Trương Mỹ Lan.
Tuy nhiên, căn cứ tài liệu thu thập được, lời khai bị can và người liên quan, Cơ quan Cảnh sát điều tra - Bộ Công an đủ cơ sở xác định lợi dụng việc bà Trương Mỹ Lan bị bắt, Nguyễn Cao Trí đã có thủ đoạn gian dối chỉ đạo nhân viên lập, hoàn thiện hồ sơ thanh lý hợp đồng chuyển nhượng, thanh lý hợp đồng ủy thác đầu tư để xóa bỏ nghĩa vụ nợ, nhằm chiếm đoạt 1.000 tỷ đồng đã nhận.
Hiện tại, Công ty CP Đầu tư Du lịch Sài Gòn Đại Ninh là chủ đầu tư dự án Khu đô thị thương mại du lịch nghỉ dưỡng sinh thái Đại Ninh, đang bị Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về tham nhũng kinh tế buôn lậu, Bộ Công an điều tra.
Dự án khu đô thị này được UBND tỉnh Lâm Đồng cấp giấy chứng nhận đầu tư cho Công ty Sài Gòn Đại Ninh từ cuối năm 2010, quy mô gần 3.595 ha, tổng mức đầu tư hơn 25.243 tỷ đồng. Tuy nhiên, sau một thời gian triển khai rầm rộ, hàng loạt hạng mục chính vẫn chưa được xây dựng.
Đến tháng 7/2020, trong kết luận thanh tra về việc quản lý, sử dụng đất đai và đầu tư xây dựng trên địa bàn tỉnh Lâm Đồng, Thanh tra Chính phủ đã đề xuất chấm dứt hoạt động, thu hồi đất của dự án Khu đô thị thương mại du lịch nghỉ dưỡng sinh thái Đại Ninh do Sài Gòn Đại Ninh làm chủ đầu tư.
Tuy nhiên, ít tháng sau khi ông Nguyễn Cao Trí đảm nhiệm vai trò đại diện theo pháp luật kiêm Tổng Giám đốc của Sài Gòn Đại Ninh , vào tháng 7/2021, Thanh tra Chính phủ đã ra thông báo sửa đổi một số nội dung trong kết luận thanh tra, rút lại yêu cầu chấm dứt hoạt động, thu hồi đất dự án Khu đô thị thương mại du lịch nghỉ dưỡng sinh thái Đại Ninh.