Hiện tại, Ban tổ chức SEA Games 31 đã hoàn thành điều lệ các môn thể thao thi đấu SEA Games 31 và gửi tới các Liên đoàn thể thao quốc tế của môn đó để xác nhận đúng quy định (39 Liên đoàn đã xác nhận, 7 môn đang trong quá trình chờ gồm cầu lông, cầu mây, quần vợt, bóng đá, quyền Anh, ba môn phối hợp, thể thao điện tử Esports).
Vấn đề chính hiện nay là rất nhiều đội tuyển thể thao có VĐV dương tính Covid-19 tại Trung tâm HLTTQG Hà Nội trong thời gian chuẩn bị cho SEA Games 31 và đã được thông báo và Tổng cục TDTT đã yêu cầu các đội tuyển cùng các ban Giám đốc Trung tâm HLTTQG đảm bảo an toàn chống Covid-19 tuyệt đối và nghiêm ngặt tuân thủ việc đi lại để đảm bảo sức khỏe cho cán bộ, HLV, VĐV.