Trước đó, vào 21h20 ngày 24/6, tại sân bay quốc tế Nội Bài, khi chuyến bay số hiệu AIQ645 đã lăn ra đầu đường băng 11 phải (11R) để chờ cất cánh đi Thái Lan, cùng thời điểm này máy bay VJC943 hạ cánh xuống đường băng 11 trái (11L).
Kiểm soát viên không lưu cấp lệnh cho tổ lái chuyến bay AIQ645 lên đường băng dừng chờ, còn chuyến bay VJC943 được phép lăn cắt qua đường băng 11 phải để về sân đỗ.
Tuy nhiên, tổ lái chuyến bay AIQ645 đã không nhắc lại đầy đủ huấn lệnh và kiểm soát viên không lưu cũng không phát hiện ra thiếu sót này. Dẫn tới, chuyến bay AIQ645 vẫn thực hiện chạy đà cất cánh trên đường băng 11 phải, trong khi chuyến bay VJC943 đang lăn qua đường băng.
Thời điểm chuyến bay AIQ645 nhấc bánh trước và rời mặt đất khoảng giữa đường lăn S5 và S6, trong khi chuyến bay VJC943 đã lăn tới gần vị trí nút giao giữa đường lăn S8 và đường băng 11 phải, khoảng cách giữa 2 máy bay khoảng 1,5km.
Kiểm soát viên không lưu phát hiện ra chuyến bay AIQ645 chạy đà cất cánh khi máy bay đã đạt vận tốc đến 127 Knot (khoảng 235 km/h), gần đạt ngưỡng tốc độ để cất cánh, nên kiểm soát viên không lưu đã không đưa ra huấn lệnh hủy cất cánh.