Ngoài ra, Hội đồng xét xử kiến nghị tiếp tục điều tra các tổ chức, cá nhân như kết luận điều tra và cáo trạng đã nêu. Cụ thể, về những hành vi tách ra để tiếp tục điều tra, xử lý ở giai đoạn 2, cáo trạng nêu đối với Trần Thị Hà Liên bị khởi tố về tội Môi giới hối lộ theo Điều 365 Bộ luật Hình sự. Do bị can bỏ trốn chưa bắt được, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đã ra quyết định truy nã và tách vụ án để điều tra, xử lý sau.
Đối với một số đối tượng khác trong vụ án có dấu hiệu vi phạm, tội phạm, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an sẽ tiếp tục điều tra, xử lý ở giai đoạn 2 theo quy định pháp luật.
Bên cạnh đó, xét thấy, hành vi của bà Ngô Thị Lan Phương, chị gái bị cáo Ngô Quang Tuấn (cựu chuyên viên Vụ Hợp tác Quốc tế, Bộ Giao thông vận tải) có dấu hiệu của tội che giấu tội phạm, đại diện VKSND đưa ra quan điểm cho rằng cần tiếp tục điều tra làm rõ trong giai đoạn 2 của vụ án. Phần thẩm vấn công khai tại phiên tòa, đại diện VKSND cũng nhận thấy một số bị cáo có dấu hiệu của tội rửa tiền nên đề nghị tiếp tục điều tra làm rõ trong giai đoạn 2 của vụ án.
Theo bản án sơ thẩm, đối với hành vi phạm tội của các bị cáo đưa hối lộ và môi giới hối lộ, hành vi của đại diện các doanh nghiệp đưa tiền để được tạo điều kiện cấp phép chuyến bay là vi phạm pháp luật, ảnh hưởng xấu đến hoạt động công vụ. Việc đưa hối lộ xảy ra trên diện rộng, làm giảm sút uy tín của các cơ quan Nhà nước, cơ quan đại diện Bộ Ngoại giao của Việt Nam ở nước ngoài. Một số doanh nghiệp còn bán giấy phép chuyến bay, môi giới hối lộ để trục lợi cá nhân, cần áp dụng hình phạt nghiêm khắc.
Nhận định của Hội đồng xét xử cũng cho rằng hành vi của các bị cáo này cũng xuất phát từ việc một số phần tử gây khó khăn cho doanh nghiệp xin cấp phép chuyến bay, tạo quy chế xin cho nên buộc họ phải đưa tiền hối lộ.
Đối với quyền lợi của khách hàng đã mua vé máy bay của các doanh nghiệp thực hiện các chuyến bay combo, chuyến bay giải cứu, bản án sơ thẩm cho rằng, hồ sơ vụ án không có thông tin về những người mua vé. Bên cạnh đó cũng không có thông tin về chi phí của các khách hàng đã mua vé. Trong đó, chi phí đưa công dân về nước bao gồm vé máy bay, cách ly y tế và các chi phí khác. Bản án sơ thẩm khẳng định không có cơ sở giải quyết nội dung trên.
Hội đồng xét xử dành quyền khởi kiện cho các cá nhân tổ chức yêu cầu doanh nghiệp bán vé chuyến bay giải quyết quyền lợi của mình theo đúng quy định của pháp luật.