Với mục đích để Công ty Việt Á được tham gia thực hiện đề tài nghiên cứu kit test xét nghiệm, sau đó chiếm đoạt, biến test thành sản phẩm của công ty để sản xuất, tiêu thụ, Việt đã thông đồng với Trịnh Thanh Hùng (cựu Phó Vụ trưởng Vụ KH-CN thuộc Bộ KH-CN) để Việt Á được Bộ KH-CN phê duyệt tham gia, phối hợp Học viện Quân y thực hiện đề tài.
Sau đó, Việt đề nghị Nguyễn Văn Trịnh (cán bộ Văn phòng Chính phủ), ông Nguyễn Thanh Long (cựu Bộ trưởng Y tế)... can thiệp, tác động, chỉ đạo Nguyễn Minh Tuấn (cựu Vụ trưởng Vụ Trang thiết bị và Công trình y tế, Bộ Y tế) để Việt Á được Bộ Y tế cấp số đăng ký lưu hành tạm thời, đăng ký lưu hành chính thức kit test xét nghiệm COVID-19.
Khi Việt Á sản xuất thương mại, bán 200.000 test xét nghiệm cho Bộ Y tế, Việt đã nâng khống cơ cấu đơn giá nhưng vẫn được Bộ Y tế hiệp thương, xác định giá 470.000 đồng/kit test không có căn cứ.
Sau đó, Bộ Y tế kiểm tra giá hiệp thương, xác định Việt Á thay đổi nguyên vật liệu sản xuất nhưng không ra kết luận kiểm tra, không kiến nghị xử lý, dẫn đến Công ty Việt Á tiếp tục sử dụng mức giá trên, tạo mặt bằng giá để bán cho các đơn vị, địa phương.
Kết quả điều tra xác định trong 2 năm 2020, 2021 tổng doanh thu của Công ty Việt Á là hơn 4.247 tỉ đồng. Trong đó, Công ty Việt Á đã sản xuất tổng hơn 8,7 triệu kit test, đã tiêu thụ cho các đơn vị, cơ sở y tế là hơn 8,3 triệu kit test với tổng giá trị hơn 3.929 tỉ đồng (giá 470.000 đồng/kit). Trong đó, đã được thanh toán hơn 5.918.266 kit test xét nghiệm với tổng giá trị 2,257 tỉ đồng.
Cơ quan điều tra cáo buộc trong quá trình phạm tội Phan Quốc Việt đã gây thiệt hại hơn 432 tỉ đồng, đưa hối lộ với tổng số tiền là 3 triệu USD (tương đương hơn 68 tỉ đồng) và 4 tỉ đồng.
Trong đó, Phan Quốc Việt đã đưa hối lộ Nguyễn Thanh Long (cựu bộ trưởng Y tế) 2,25 triệu USD; Nguyễn Huỳnh (thư ký của ông Long) 4 tỉ đồng; Nguyễn Minh Tuấn (cựu Vụ trưởng Vụ Trang thiết bị và Công trình y tế Bộ Y tế) 300.000 USD; Trịnh Thanh Hùng (cựu vụ phó Vụ KH-CN) 350.000 USD; Nguyễn Nam Liên (cựu vụ trưởng Vụ Kế hoạch Tài chính Bộ Y tế) 100.000 USD.
Bên cạnh đó, Việt còn chi tiền "cảm ơn" cho ông Nguyễn Văn Trịnh (cán bộ Văn phòng Chính phủ) 200.000 USD; Chu Ngọc Anh (cựu Bộ trưởng KH-CN) 200.000 USD; Phạm Công Trạc (cựu Thứ trưởng Bộ KH-CN) 50.000 USD.