Các vi phạm tại giai đoạn 1 dài 65km đã được xử lý với 36 bị cáo, bị tuyên án từ 24 tháng tù treo đến 8 năm 6 tháng tù giam.
Ở giai đoạn 2 cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi dài 74km, cáo trạng của Viện KSND Tối cao xác định dự án sử dụng vốn vay của Ngân hàng Thế giới (WB) và do Tổ chức tư vấn CDM Smith Inc của Mỹ thực hiện giám sát thi công.
22 bị cáo trong vụ án bị cáo buộc trong quá trình xây dựng đã cùng nhiều người khác không tuân thủ quy định từ khâu lựa chọn vật liệu, thiết kế, thi công...Sai phạm của các bị cáo khiến cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi không đảm bảo chất lượng vẫn được đưa vào vận hành giai đoạn 2 dài 74km và sau đó hư hỏng, gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 460 tỷ đồng.
Ngoài việc đưa ra xét xử đối với 22 bị cáo trong vụ án, cơ quan điều tra xác định có 27 đối tượng người nước ngoài đã có hành vi phạm tội liên quan các gói thầu thuộc giai đoạn 2 dự án. Dù đã gửi yêu cầu tương trợ tư pháp đến cơ quan có thẩm quyền của các quốc gia nêu trên nhưng đến nay chưa có kết quả. Vì thế, 27 người nước ngoài được tách hồ sơ, xử lý sau.
Trong vụ án này, Bộ Giao thông vận tải được xác định là người quyết định đầu tư và quản lý công trình. Đơn vị này từng 81 lần kiểm tra hiện trường nhưng không phát hiện vi phạm. Cơ quan điều tra cho rằng không có căn cứ xử lý hình sự với các cá nhân liên quan ở Bộ GTVT nên chỉ đề nghị xử lý theo quy định của Đảng và chính quyền.