Thay mặt lãnh đạo Bộ Y tế, Thứ trưởng Trần Văn Thuấn đề nghị Ban Lãnh đạo Bệnh viện và 2 đồng chí Phó Giám đốc nhận nhiệm vụ mới cần tập trung thực hiện tốt một số nhiệm vụ, trong đó trước hết tập thể lãnh đạo Bệnh viện cần thể hiện tinh thần đoàn kết, nêu cao trách nhiệm đặc biệt là trách nhiệm nêu gương của người lãnh đạo, tiếp tục củng cố và xây dựng niềm tin với cán bộ, viên chức người lao động để xây dựng và thực hiện thắng lợi nhiệm vụ của Bệnh viện. Đồng thời Bệnh viện nghiên cứu có kế hoạch mở rộng thêm một số chuyên ngành mới.
Từ đầu năm 2018, Bệnh viện Hữu Nghị được Bộ Y tế giao tự chủ toàn bộ chi phí hoạt động thường xuyên theo Nghị quyết 43/2006/NĐ-CP của Chính phủ. Trong thời gian triển khai tự chủ toàn bộ kinh phí hoạt động thường xuyên, Bệnh viện gặp nhiều khó khăn xuất phát từ những nguyên nhân khách quan cũng như chủ quan như đại dịch COVID-19 bùng phát, các văn bản quy phạm pháp luật liên quan đến tự chủ còn khó triển khai khiến cho việc quản lý, điều hành Bệnh viện còn nhiều vướng mắc cùng những khó khăn trong công tác mua sắm, đấu thầu… Tuy vậy, trong những năm qua, Bệnh viện Hữu Nghị đã có những cố gắng hoàn thành các nhiệm vụ chuyên môn và không ngừng phát triển các kỹ thuật mới.