Một số địa phương giao cho các đơn vị chủ động tự đấu thầu, thay vì đấu thầu tập trung như trước. Tuy nhiên, các đơn vị vẫn tỏ ra lúng túng hoặc e ngại trong tổ chức thực hiện. Một số doanh nghiệp, nhà cung cấp cũng e ngại trong việc cung ứng hàng hóa cho các đơn vị công do liên quan đến giá chưa hợp lý, thủ tục đấu thầu, thủ tục thanh toán phức tạp, khó khăn.
Ngoài ra, mua sắm trong lĩnh vực y tế có lúc, có nơi xuất phát từ nhu cầu bị động, phụ thuộc nhiều vào các yếu tố như tình hình dịch bệnh, mô hình bệnh tật. Đặc biệt, 2020 - 2021 là hai năm chịu ảnh hưởng nặng nề của đại dịch Covid-19. Nhiều gói thầu phải mua theo hình thức chỉ định thầu rút gọn, lựa chọn nhà thầu trong trường hợp khẩn cấp để phục vụ cho nhu cầu chống dịch.

Một số doanh nghiệp, nhà cung cấp e ngại trong việc cung ứng hàng hóa cho các đơn vị. Ảnh minh hoạ.
Vì ảnh hưởng của đại dịch, nguồn nguyên liệu sản xuất, hàng hóa khan hiếm, giá cả hàng hóa nhiều biến động. Vì vậy, việc mua sắm thuốc, vật tư y tế, hóa chất, các sinh phẩm cho phòng, chống dịch bệnh và khám, chữa bệnh càng trở nên khó khăn hơn.
Một nguyên nhân khác là việc hiểu và thực hiện Nghị định số 60/2021/NĐ-CP ngày 21/6/2021 của Chính phủ quy định cơ chế tự chủ tài chính của đơn vị sự nghiệp công lập về thẩm quyền quyết định mua sắm từ các nguồn thu của đơn vị sự nghiệp công lập được giao tự chủ về tài chính chưa thống nhất. Từ đó, dẫn đến việc đấu thầu, mua sắm của các đơn vị sự nghiệp công lập bị chững lại, chưa tổ chức thực hiện việc đấu thầu lựa chọn nhà thầu cung cấp tài sản, hàng hoá, dịch vụ kể từ khi Nghị định này có hiệu lực.
Tình trạng hết hạn số đăng ký của một số loại thuốc dẫn tới chậm thầu so với dự kiến đề ra. Bên cạnh đó, do một số khó khăn, chậm có kết quả đấu thầu tập trung quốc gia, đàm phán giá một số thuốc mua sắm tập trung quốc gia. Tình trạng này dẫn tới các cơ sở phải thực hiện hình thức mua sắm tại cơ sở và không chủ động được thời gian, số lượng mua sắm.